Xylella fastidiosa : bilan de la surveillance en 2015

Face à la bactérie dont plusieurs souches sont mondialement connues comme très nuisibles aux végétaux, que s'est-il passé en France en 2015 ?

Bactérie du xylème de la famille des Xanthomonadaceae, Xylella fastidiosa est un organisme nuisible de quarantaine en Europe. Cette bactérie phytopathogène est classée danger sanitaire de catégorie 1 par l'arrêté du 15 décembre 2014 relatif à la liste des dangers sanitaires pour les espèces végétales.

Xylella fastidiosa en Europe en 2013 et 2014

La sous-espèce pauca dans les Pouilles

En Europe, le premier foyer a été observé dans le sud de l'Italie dans des oliveraies et déclaré en octobre 2013. La superficie de la zone contaminée par des souches de la sous-espèce pauca, une des six sous-espèces décrites au sein de l'espèce bactérienne, s'élève à plus de 200 000 ha.

Les souches de la sous-espèce pauca présentes dans les Pouilles causent le syndrome de déclin rapide de l'olivier et des dessèchements sur l'amandier, le myrte, le romarin et le laurier-rose.

En France, surveillance de 2012 à 2014

Depuis 2012, le Laboratoire de la santé des végétaux (LSV, Anses) réalise des analyses ciblées dans le cadre de la vigilance vis-à-vis de X. fastidiosa en France (voir Tableau 1 page suivante).

En 2012 et 2013, la majorité des prélèvements a été réalisée sur les genres Coffea et Prunus. En 2014, suite aux foyers déclarés en Italie, près de 33 % des échantillons analysés en France (92 sur 286) venaient de végétaux du genre Olea. Sur ces trois années, X. fastidiosa (plusieurs sous-espèces) a été détectée en France uniquement sur des caféiers importés, tous ayant fait l'objet d'interceptions(1).

Afin de prévenir l'entrée de la bactérie et de la détecter le cas échéant le plus vite possible, la France s'est dotée d'un plan national d'action fin 2014. Les facteurs de risque ont été identifiés à partir de la biologie de la bactérie, des conditions environnementales favorables à son établissement et de la distribution sur notre territoire des plantes-hôtes connues.

Cette démarche d'évaluation du risque, s'appuyant notamment sur l'avis de l'Efsa (janvier 2015) et tenant compte du contexte italien, a permis de renforcer la stratégie de surveillance en 2015. L'organisation de la surveillance et ses résultats sont présentés ici.

Biologie de Xylella fastidiosa

Transmission, hôtes, symptômes

La bactérie X. fastidiosa, dont les Amériques sont l'aire d'origine, est transmise par des insectes piqueurs-suceurs se nourrissant de la sève brute du xylème. En Europe, certaines espèces de cercopes, cicadelles et cigales se nourrissant dans le xylème sont donc des candidats vecteurs (photos 1 et 2).

De plus, la multiplication, l'exportation et la plantation de plants contaminés représentent un risque important de dissémination.

Xylella fastidiosa a une large gamme d'hôtes : plus de 350 espèces végétales issues de 75 familles botaniques (Efsa, 2016), dont certaines d'intérêt économique et/ou patrimonial : olivier, vigne, agrumes, Prunus spp., chênes, espèces ornementales, etc.

Elle occasionne des symptômes peu spécifiques : brûlures foliaires, dessèchement de rameaux, chloroses, mort (photos 3 à 7). Il est facile de les confondre avec d'autres affections d'origines biotiques (champignons vasculaires, insectes xylophages...) ou autres (stress physiologiques...). Certaines plantes contaminées ne présentent aucun symptôme. La mise en évidence de plantes porteuses de la bactérie est donc difficile.

Filières françaises concernées par X. fastidiosa ou susceptibles de l'être

En France, les espèces sensibles à X. fastidiosa cultivées ou commercialisées dans les filières arboricole, oléicole, viticole, ornementale et forestière sont donc susceptibles d'être contaminées par la bactérie.

Arboriculture - dont l'oléiculture et l'agrumiculture - et viticulture

Les principales régions arboricoles où se cultivent les espèces du genre Prunus sensibles à la bactérie sont Rhône-Alpes, Aquitaine, PACA, Midi-Pyrénées et Languedoc-Roussillon (Agreste, 2014).

La Corse est la première région productrice d'agrumes et la seule avec la région PACA.

La production oléicole française se concentre en région PACA, suivie de Languedoc-Roussillon, Corse et Rhône-Alpes. Mais les oliviers ornementaux sont potentiellement présents dans toutes les régions.

La filière viticole est portée par plus de 85 000 exploitations réparties sur tout le territoire. Plus de 45 % de la superficie du vignoble français est en régions méditerranéennes (FranceAgriMer, 2015).

Horticulture, pépinières, plants importés

En 2014, 4 150 exploitations de pépinières et d'horticulture ornementale ont été recensées en France métropolitaine, hors Corse (Val'hor, 2015). La région des Pays de la Loire est la première région de production horticole ornementale de France, viennent ensuite le groupe Normandie, Île-de-France, Picardie, Nord-Pas-de-Calais et les régions situées en bordure de la Méditerranée (FranceAgriMer, 2015).

Il est à noter que plus de 60 % des importations françaises en provenance des pays tiers (hors Union européenne) de plants entrent dans l'UE via les Pays-Bas. L'Italie est le deuxième producteur en Union européenne après les Pays-Bas.

Les régions méridionales du pays, au climat assez semblable à celui de zones où la bactérie est établie (ex. : Californie) rassemblent donc la majorité des productions qu'elle est susceptible de contaminer.

Méthodologie de la surveillance

Plan coordonné, deux modalités

En 2015, le plan de surveillance de X. fastidiosa a été formalisé par deux notes de service, celle du 10 avril 2015 puis celle du 13 mai 2015 (DGAL/SDQPV/2015-449) qui précise les contrôles à effectuer en pépinières et lieux de vente et les filières à risque d'introduction et de diffusion.

Il a été coordonné par le ministère en charge de l'Agriculture et les services régionaux de l'alimentation (SRAL). Son but était l'épidémiovigilance : détection précoce de toute émergence de X. fastidiosa (quelle que soit la sous-espèce) sur tout le territoire et garantie du statut indemne de la France métropolitaine. Ce dispositif reposait sur deux modalités de surveillance : programmée d'une part, événementielle d'autre part.

Surveillance programmée

En 2015, la surveillance programmée(2) avait pour but d'évaluer la situation phytosanitaire et de détecter, par des actions dédiées, les contaminations chez les espèces végétales connues comme hôtes de la bactérie, notamment celles d'importance économique et/ou situées dans les zones géographiques identifiées comme les plus à risque (sud de la France) et, ainsi, de garantir le statut indemne du territoire. Cette surveillance a reposé sur différents types d'inspections.

D'une part, les établissements revendeurs de végétaux susceptibles d'être contaminés par la bactérie inscrits au registre phytosanitaire, mais aussi une certaine partie de ceux non inscrits ont été contrôlés par les inspecteurs phytosanitaires des SRAL ou par leurs délégataires, les fédérations régionales de défense contre les organismes nuisibles (Fredon).

D'autre part, il a été demandé aux inspecteurs d'être vigilants vis-à-vis de X. fastidiosa dans le cadre de la surveillance officielle d'espèces végétales sensibles à la fois à la bactérie et à d'autres organismes réglementés (ex. : phytoplasme responsable de la flavescence dorée de la vigne ou virus de la sharka).

Contribution du réseau SBT, contrôles à l'importation et unité de quarantaine

La surveillance programmée a également reposé sur le réseau d'épidémiosurveillance des cultures SBT(3) Écophyto et sur le réseau de correspondants observateurs du Département de la santé des forêts. Les observateurs de ces réseaux ont été invités à renforcer leur vigilance lors des diagnostics de végétaux sensibles à X. fastidiosa.

En complément, des contrôles phytosanitaires à l'importation ont été réalisés. En application des dispositions de la décision 2015/789 de la Commission européenne, l'instruction DGAL/SDASEI/2015-486 du 1er juin 2015 sur les plans de contrôle et plans de surveillance des végétaux à l'importation l'a précisé. Elle exigeait de procéder, aux points d'entrée communautaires, à des prélèvements pour recherche de X. fastidiosa par analyse sur toute arrivée de plantes sensibles originaires de pays tiers où la maladie est connue, et de consigner les lots concernés en l'attente du résultat d'analyse bactériologique.

Par ailleurs, les analyses réalisées par l'Unité de quarantaine et de virologie de Clermont-Ferrand du LSV concernent les variétés introduites de l'étranger par des sélectionneurs. Les plants, après observation en serre durant plusieurs mois et vérification par analyse de l'absence de X. fastidiosa, sont autorisés à rejoindre l'établissement de l'importateur. En cas de résultat positif, il s'agit d'interception, non de foyer déclaré.

Surveillance événementielle

En complément des modalités de surveillance programmée, la surveillance événementielle avait pour objectif la détection précoce de contaminations symptomatiques sur le territoire. Par définition, cette surveillance repose sur la déclaration spontanée de suspicions de détection de X. fastidiosa par des professionnels mais aussi des particuliers.

La diffusion de publications à un large public a permis d'animer cette surveillance et de sensibiliser des publics divers. Les régions ont utilisé des outils grand public : numéro vert, formations, plaquettes d'information, affiches à destination des voyageurs, sites internet des Draaf et du ministère de l'Agriculture.

Une sensibilisation importante de la filière oléicole a été réalisée par l'Association française interprofessionnelle de l'olive (Afidol), qui a organisé trois réunions de terrain en 2015, communiqué sur son site internet et diffusé une fiche d'information.

Pour la filière plantes ornementales, tous les maillons des circuits de vente (pépinières, horticulteurs, jardineries spécialisées, négoces, grandes et moyennes surfaces, grandes surfaces de bricolage, marchés, foires, marchés d'intérêt nationaux) ont été la cible de communication (sites internet de fédérations professionnelles).

En cas de suspicion de symptômes de X. fastidiosa sur des végétaux sensibles, les signalements étaient effectués auprès des SRAL et pouvaient conduire à des prélèvements pour analyses.

Enfin, en application de la loi (art. L.201-7 à L.201-11 du code rural), les détenteurs de végétaux ont l'obligation de déclarer les suspicions de présence de X. fastidiosa au SRAL.

Méthode de détection et réseau d'analyses

La méthode officielle (MA 039) de détection de X. fastidiosa publiée par le ministère en charge de l'Agriculture a été développée par l'unité de bactériologie, virologie et OGM du LSV (Anses) à Angers, Laboratoire national de référence (LNR). Elle s'appuie sur un test de PCR en temps réel.

Début novembre 2015, cinq laboratoires ont été agréés par le ministère pour réaliser les analyses officielles de première intention (détection de la bactérie selon la méthode MA039), le LNR réalisant les analyses de confirmation (MA039 sur les reliquats d'analyse ou d'échantillons) et de caractérisation des souches détectées (identification de la sous-espèce par PCR multiplexe et/ou MLSA) en collaboration avec l'Inra d'Angers (unité Emersys). Le LNR assure un suivi des laboratoires agréés (Figure 1 page suivante).

Gestion des données de surveillance

L'UCAS(4) a mis en place un système d'information pour centraliser l'ensemble des données de surveillance pour lesquelles des analyses ont été réalisées vis-à-vis de X. fastidiosa (Figure 1).

L'identifiant unique associé à chaque prélèvement a permis de compiler les données botaniques, les lieux et dates des prélèvements et les résultats d'analyses. Ces données sont transmises à fréquence bihebdomadaire, pour les régions Corse et PACA, par les SRAL, par les laboratoires agréés et par le LNR. La qualité des données (format, cohérence, complétude) est vérifiée automatiquement. Des cartes et statistiques sont envoyées au gestionnaire du risque pour suivre l'évolution de la pression de surveillance sur le territoire et la situation en zones infectées.

Résultats du plan de surveillance

Premier semestre 2015

Les six premiers mois de 2015, il a été prélevé en France autant de végétaux que durant chacune des trois années précédentes (Tableau 2).

Par ailleurs, le nombre d'espèces végétales prélevées (hors Corse et PACA) a fortement augmenté par rapport aux années précédentes.

Les espèces les plus prélevées étaient celles réputées sensibles et constituant un risque d'introduction de la bactérie (Coffea sp.) ou présentes sur le territoire, réputées sensibles à la sous-espèce pauca et/ou à valeur économique ou patrimoniale : olivier, Prunus (abricotier, amandier, pêcher), vigne (Vitis sp.), laurier-rose (Nerium oleander L.), chênes, etc.

Les régions où le nombre de prélèvements a été le plus important étaient celles du sud de la France (Corse, PACA, Languedoc-Roussillon), identifiées comme les plus à risque dans le plan de surveillance vu leurs conditions environnementales favorables à l'établissement de X. fastidiosa, ainsi que l'Île-de-France, notamment sur le MIN(5) de Rungis vu sa position stratégique dans l'introduction des végétaux sur le territoire national, l'Auvergne où est située l'unité de quarantaine et de virologie du LSV de l'Anses de Clermont-Ferrand, et les régions Pays de la Loire et Centre vu leur activité de production de plantes ornementales et les précédents d'interceptions de caféiers positifs (Figure 2A).

Ce premier semestre, quelques lots de caféiers ont été détectés positifs (différentes sous-espèces de X. fastidiosa identifiées) et détruits en Île-de-France, Pays de la Loire et Centre.

En Corse et PACA, le nombre de prélèvements a fortement augmenté par rapport à 2014. Un lot de caféiers infectés a été intercepté en région PACA.

Second semestre : foyers détectés

La surveillance événementielle a conduit à la première détection de la bactérie (sous-espèce multiplex) le 22 juillet 2015 à Propriano (Corse-du-Sud) sur des polygales à feuilles de myrte (Polygala myrtifolia), espèce végétale jusqu'alors peu surveillée.

Le 13 octobre, un foyer a été déclaré à Nice (PACA), lui aussi à la suite d'un signalement spontané, sur Polygala myrtifolia.

Dans les deux régions, seule la sous-espèce multiplex a été identifiée. Au 31 décembre 2015, 233 foyers étaient déclarés en Corse et neuf foyers en PACA. Ces foyers ont entraîné un changement de pression de surveillance sur le territoire, au niveau national et dans les deux régions contaminées.

En effet, au premier semestre, seulement trois prélèvements avaient été effectués sur polygales en France (aucun en Corse et PACA). Hors Corse et PACA, au second semestre, 74 polygales ont fait l'objet de prélèvements et d'analyses, soit 19 % de l'ensemble des prélèvements réalisés au cours de ce semestre. Au niveau national (hors Corse et PACA), la distribution des espèces végétales prélevées a évolué et le nombre d'espèces prélevées a augmenté.

Les prélèvements se sont intensifiés sur olivier et plantes ornementales (surtout polygale et laurier-rose). Par ailleurs, les régions Languedoc-Roussillon, Midi-Pyrénées, Pays de la Loire et Île-de-France ont fortement renforcé leur surveillance (Figure 2B). Trois lots de caféiers ont été interceptés en Île-de-France et en Pays de la Loire, portant à 14 le nombre total de lots de caféiers interceptés.

Bilan global 2015, hors Corse et PACA

En 2015, la bactérie a été détectée sur seulement 3 % des prélèvements en France hors Corse et PACA, ce qui ne diffère pas significativement de 2014.

En 2015, et toujours hors Corse et PACA, 148 prélèvements sur olivier et 45 prélèvements sur vigne ayant conduit à des analyses pour détection de X. fastidiosa ont tous donné des résultats d'analyses négatifs.

Bilan en Corse et PACA

À la suite de la déclaration des foyers, la surveillance en Corse et en région PACA a été renforcée en accompagnement des mesures de gestion de ces foyers. Elle a eu pour premier objectif de détecter les plantes contaminées aux environs des foyers pour procéder aux éradications et limiter ainsi la dispersion de la bactérie pathogène.

Le second objectif a été d'évaluer la situation épidémiologique des territoires extérieurs aux zones délimitées(6). Ainsi, 4 519 et 660 prélèvements ont été effectués respectivement en Corse et PACA au second semestre 2015 (Tableau 2) avec une intensification dans les zones délimitées (Figure 3).

En PACA, la bactérie a été détectée uniquement sur Polygala myrtifolia (25 % des prélèvements étant sur des polygales). En Corse, des espèces végétales de 18 genres botaniques ont été trouvées contaminées par X. fastidiosa subsp. multiplex (voir Tableau 3 page suivante). La bactérie n'a pas été détectée sur olivier (Olea), laurier-rose (Nerium), vignes (Vitis, Ampelopsis, Parthenocissus) et agrumes (Citrus, Fortunella).

L'information sur la présence ou l'absence de symptômes a été indiquée pour 3 639 prélèvements réalisés en Corse au second semestre 2015 (Figure 3). La bactérie a été détectée dans 21 % des 1 744 prélèvements considérés comme symptomatiques et 5 % des 1 895 prélèvements asymptomatiques.

Perspectives pour 2016

Mobilisation des acteurs

La surveillance de X. fastidiosa en France en 2015 a prouvé l'intérêt de la surveillance événementielle et l'importance de la sensibilisation d'un large public face à des risques sanitaires tels que X. fastidiosa. En 2016, cette sensibilisation sera poursuivie.

Pour améliorer la surveillance, il est utile de former les acteurs des différentes filières au diagnostic (reconnaissance des symptômes, des risques de confusions avec d'autres affections biotiques ou abiotiques, et des vecteurs potentiels) en périodes favorables pour l'observation (de la fin du printemps au début d'automne en extérieur), ainsi qu'en botanique (reconnaissance des espèces et cultivars végétaux sensibles).

L'attention des observateurs et producteurs doit être renforcée en cas d'observation simultanée d'insectes vecteurs potentiels (cicadelles [piqûres foliaires], cercopes, aphrophores [« crachats de coucou » sur jeunes pousses au printemps]) et de symptômes éventuels (feuilles desséchées) en période de végétation, en parcelles de production ou en espaces verts. De plus, la surveillance programmée a permis d'identifier et surveiller les canaux de production et commercialisation de végétaux sensibles et de s'assurer de l'état sanitaire des produits végétaux présents sur le territoire.

Plan de surveillance revisé

La surveillance de X. fastidiosa est principalement basée sur la présence de symptômes afin d'optimiser les chances d'identifier la bactérie lors de prélèvements. Mais ces symptômes sont peu spécifiques, et des plantes asymptomatiques se sont révélées contaminées en Corse et PACA, certes en faible proportion. Malgré les incertitudes sur la probabilité de détecter la bactérie sur ce type d'échantillons, des prélèvements asymptomatiques seront entrepris en 2016.

Le plan de surveillance est revu en fonction du bilan de 2015, notamment la détection de la sous-espèce multiplex sur P. myrtifolia. L'objectif reste de s'assurer du statut indemne des parties du territoire extérieures aux zones délimitées, détecter le plus précocement possible la bactérie (toutes sous-espèces incluses) et suivre l'évolution de la situation en Corse et PACA.

Cela exige d'élargir les espèces à surveiller en priorité, ce que suggèrent les lignes directrices de la Commission européenne pour la surveillance de X. fastidiosa (Com. europ., 2015), notamment les Prunus sp., le laurier-rose et les polygales.

À partir de 2016, une surveillance renforcée sera réalisée dans les trois filières à risque d'introduction et de diffusion définies ici : arboricole, ornementale et viticole. La surveillance devrait être élargie à la filière des plantes à parfum aromatiques, médicinales et condimentaires qui comprend des végétaux sensibles à X. fastidiosa tels que la lavande, le romarin et le thym. En outre, les lignes directrices de la Commission préconisent d'adapter le nombre d'observations et de prélèvements en fonction du risque. L'expérience en Corse et PACA et les études scientifiques en cours et à venir devraient permettre de mieux définir les protocoles d'observation et d'échantillonnage.

La centralisation par l'Anses des données sur les prélèvements a permis de dresser ce bilan et de produire des outils décisionnels (cartes, tableaux) pour les gestionnaires du risque.

Actuellement, les données ne concernent que les inspections et signalements ayant donné lieu à des prélèvements pour analyse (suspicion). Une évolution des systèmes d'information pourrait favoriser la collecte de toutes les données de terrain, notamment les signalements de symptômes (dépérissements anormaux) sur végétaux sensibles et les inspections n'ayant pas donné lieu à analyse. Cela permettra d'évaluer plus finement la surveillance.

L'analyse des résultats de la surveillance a été réalisée de manière conjointe entre les équipes de la DGAL, des Draaf SRAL et de l'Anses. Ce cadre de travail, qui associe plusieurs expertises relevant à la fois de la gestion et de l'évaluation, est en cohérence avec le mode de travail prévu dans le cadre de la prochaine plateforme d'épidémiosurveillance en santé du végétal (plateforme ESV), désormais inscrite dans la loi (article L. 201-14 du code rural).

Travaux de recherche

Enfin, des recherches sont entreprises afin d'élargir le champ des connaissances. L'Anses et l'Inra participent en 2016 au projet SapAlien financé par la Région Pays de la Loire et aux projets européens POnTE et Vectacrop visant à mieux connaître l'épidémiologie de la maladie et de ses vecteurs sur les cultures stratégiques et leur environnement.

Par ailleurs, la filière oléicole va constituer un réseau de capture d'insectes avec le Centre de biologie pour la gestion des populations (UMR CBGP de Montpellier) pour identifier des vecteurs potentiels.

Les résultats sur les possibilités de dispersion de la bactérie sur le territoire français permettront d'orienter les stratégies de surveillance et notamment la mise en place d'une surveillance vectorielle. Des recherches sont en cours pour détecter la bactérie dans les insectes au LSV (optimisation de l'extraction d'ADN et PCR en temps réel) et à l'Inra (séquençage à haut débit).

(1) L'interception est la saisie de produits importés de pays tiers et présentant une non-conformité réglementaire au regard des exigences sanitaires françaises et européennes, notamment la présence d'un organisme de quarantaine. Elle évite la déclaration d'un foyer. (2) La surveillance programmée repose sur la recherche de données par des actions programmées à l'avance. (3) Surveillance biologique du territoire. (4) Unité de coordination et d'appui à la surveillance de l'Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail. (5) Marché d'intérêt national. (6) Zone comprenant une zone contaminée et une zone tampon. Une zone contaminée correspond une zone de 100 m autour de végétaux infectés par Xylella fastidiosa. Une zone tampon est une zone s'étendant sur au moins 10 km autour d'une zone contaminée.