Virus ToBRFV : menace sur les tomates et poivrons

Le virus du fruit rugueux brun de la tomate doit faire l'objet d'une surveillance attentive et de l'implication de tous les acteurs de la filière potagère.

En janvier 2019, l'Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP) inscrivait le Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) sur liste d'alerte. En fin d'année, l'Union européenne instaurait des mesures d'urgence pour éviter la dissémination du virus au sein de l'UE. La confirmation, en février 2020, d'un premier foyer sur tomate en Bretagne a entraîné la mise en oeuvre immédiate de mesures sanitaires (confinement, destruction, désinfection, vide sanitaire). Le virus représente une importante menace pour les productions de tomate, poivron et piment. Un arrêté publié le 13 mars 2020 au Journal officiel fixe à l'échelle nationale les mesures obligatoires de prévention, de surveillance et de lutte pour les professionnels.

Dans le contexte actuel, il est important de rappeler que ce virus ne se transmet pas à l'homme et n'a aucun impact sur sa santé.

Distribution, transmission et symptômes

Plusieurs détections en Europe depuis 2018

Le virus ToBRFV (genre des tobamovirus comportant également le virus de la mosaïque du tabac et le virus de la mosaïque de la tomate) a été trouvé pour la première fois en Europe fin 2018 en Allemagne, puis en 2019 en Italie, aux Pays-Bas, au Royaume-Uni, en Grèce, en Espagne. Il a été détecté pour la première fois en France en février 2020 dans deux serres d'une même exploitation du Finistère. Il a aussi été détecté au Mexique (en cours d'éradication), en Chine (Shandong), en Israël, Jordanie et Turquie (Figure 1).

En raison de sa virulence, de la gravité des symptômes (jusqu'à 100 % de fruits touchés en culture de tomate), de son impact économique potentiel sur la filière européenne de production de tomate, poivron et piment en Europe, l'OEPP l'a inscrit dans sa liste d'alerte en mars 2019(1). Puis l'Union européenne a établi le 26 septembre 2019 des mesures d'urgence destinées à éviter son introduction et sa propagation (décision d'exécution (UE) 2019/1615).

Une grande facilité de transmission

Le virus, transmissible par les semences, peut être facilement disséminé via la commercialisation des graines et des jeunes plants contaminés. Il se transmet également par simple contact (mains, outils, vêtements, caisses, plantes, eau d'irrigation...), matériel de propagation (greffons, boutures) et par des insectes (le virus a été détecté sur bourdons). Les tobamovirus peuvent rester infectieux pendant des mois sur des supports inertes. Les traitements phytopharmaceutiques de désinfection des semences ne sont pas pleinement efficaces pour les contrôler. Observée pour la première fois en 2014 en Israël, la maladie s'est propagée dans tout le pays en un an...

Des fruits invendables et pas de solution curative

Le virus du fruit rugueux brun de la tomate occasionne des décolorations et des déformations des feuilles et des fruits qui deviennent impropres à la commercialisation. De nombreuses photos de symptômes sont disponibles sur le site de l'Organisation européenne de protection des plantes (OEPP)(2).

Sur tomate, les symptômes varient selon les variétés :

- sur feuilles : chlorose, mosaïque, marbrure voire réduction des feuilles ; taches nécrotiques sur les pédoncules, les calices et les pétioles ;

- sur fruits : taches jaunes ou brunes, avec des aspects rugueux rendant les fruits non commercialisables ; déformation, maturation irrégulière.

Ces symptômes peuvent être confondus avec des symptômes rencontrés chez des tomates infectées par d'autres virus, en particulier le Pepino mosaic virus (potexvirus), le Potato virus Y (potyvirus), le Tomato spotted wilt virus (tospovirus) ou le Physostegia chlorotic mottle virus (nucleorhabdovirus).

Sur poivron, les symptômes foliaires comprennent la déformation (boursouflures), le jaunissement et la mosaïque. Les fruits sont déformés, avec des zones jaunes ou brunes, ou des rayures vertes, et une maturation irrégulière.

Les gènes de résistance aux autres tobamovirus Tm-2 et Tm-22 sont inefficaces contre le ToBRFV Les mesures de lutte reposent principalement sur l'élimination des plantes infectées et des conditions d'hygiène strictes.

Premier signalement du ToBRFV en France

Les premiers symptômes du ToBRFV ont été observés fin janvier 2020 sur des plants de tomate sous serre cultivés pour la production de fruits dans le Finistère (région Bretagne). Le Laboratoire de référence national a confirmé l'identité du virus début février. Des mesures phytosanitaires ont été mises en oeuvre : destruction des plantes et milieux de cultures, désinfection des installations... Les plants avaient été importés du Royaume-Uni et étaient issus de semences produites aux Pays-Bas. Des contrôles ont été réalisés dans les trois exploitations identifiées comme ayant reçu des plants provenant du même lot ; les analyses se sont révélées négatives. Une surveillance renforcée a été mise en place dans les exploitations situées dans l'environnement de la contamination.

Réglementation européenne : mesures d'urgence pour la circulation

Décision européenne 2019/1615

Le virus fait l'objet de la décision européenne (UE) 2019/1615 entrée en vigueur le 1er novembre 2019, qui établit des mesures d'urgence destinées à éviter son introduction et sa propagation dans l'Union et vise spécifiquement les plants destinés à la plantation et les semences, de tomate et de piment.

Circulation des semences et plants dans l'UE (article 5)

« Les semences et plants qui sont originaires du territoire de l'Union ne peuvent circuler dans l'Union que s'ils sont accompagnés d'un passeport phytosanitaire et satisfont à l'un des critères suivants :

a) ils sont originaires de zones où l'organisme spécifié est inconnu ;

b) pour les végétaux destinés à la plantation autres que les semences :

- ils sont originaires d'un site de production où, d'après les inspections officielles réalisées à un moment propice à sa détection, l'organisme spécifié est inconnu ;

- ils sont issus de semences originaires de zones qui soit sont indemnes de l'organisme spécifié, soit ont été déclarées indemnes à la suite de tests officiels pratiqués sur un échantillon représentatif à l'aide de méthodes appropriées ;

c) pour les semences, elles ont été déclarées indemnes de l'organisme spécifié à la suite d'un échantillonnage et de tests officiels réalisés sur un échantillon représentatif à l'aide de méthodes appropriées. »

Semences ou plants importés (article 6)

« Les semences et plants ne peuvent être introduits dans l'Union que s'ils sont accompagnés du certificat phytosanitaire visé à l'article 13, paragraphe 1, point ii), de la directive 2000/29/CE et satisfont à l'un des critères suivants :

a) ils sont originaires d'un pays tiers indemne de l'organisme spécifié, tel qu'établi par l'organisation nationale de protection des végétaux concernée [....]. Cette information est indiquée dans le certificat phytosanitaire sous la rubrique "Déclaration supplémentaire" ;

b) ils sont originaires d'une zone indemne de l'organisme spécifié, telle qu'établie par l'organisation nationale de protection des végétaux concernée [...]. La dénomination de cette zone est indiquée sur le certificat phytosanitaire sous la rubrique "Lieu d'origine" ;

c) lorsque les végétaux spécifiés destinés à la plantation sont originaires de pays tiers ou de zones autres que ceux visés aux points a) et b), ils satisfont aux critères suivants :

- pour les végétaux spécifiés destinés à la plantation autres que les semences :

- ils ont été produits sur un site de production enregistré et surveillé par l'organisation nationale de protection des végétaux du pays d'origine qui est connu pour être indemne de l'organisme spécifié sur la base des inspections officielles réalisées à un moment propice à la détection de celui-ci ;

- ils sont issus de semences originaires de zones qui soit sont indemnes de l'organisme spécifié, soit ont été déclarées indemnes à la suite de tests officiels pratiqués sur un échantillon représentatif à l'aide de méthodes appropriées. Il est fait mention de ces tests à la rubrique "Déclaration supplémentaire" du certificat phytosanitaire.

Des informations garantissant la traçabilité des végétaux spécifiés destinés à la plantation jusqu'à leur lieu de production sont disponibles ;

- pour les semences, elles ont été déclarées indemnes de l'organisme spécifié à la suite d'un échantillonnage et de tests officiels réalisés sur un échantillon représentatif à l'aide de méthodes appropriées. Il est fait mention de ces tests à la rubrique "Déclaration supplémentaire" du certificat phytosanitaire. »

La France n'est plus « pays indemne » : conditions à l'exportation

En raison du foyer mis en évidence dans le Finistère, la France a perdu son statut de « pays indemne ». Une instruction technique, de la Direction générale de l'alimentation (DGAl) du 4 mars 2020, précise donc les conditions de mise en oeuvre de la certification phytosanitaire à l'exportation des légumes de consommation et de transformation et des semences de tomate (Solanum lycopersicum) et poivron (Capsicum sp.), pour respecter les réglementations des pays tiers relatives au ToBRFV.

Seuls les fruits de consommation sans symptômes de ToBRFV sont éligibles vers les pays tiers. Pour l'export de semences, douze pays tiers avaient notifié en mars à l'Organisation mondiale du commerce (OMC) des exigences spécifiques (notamment concernant une analyse officielle) : Algérie, Argentine, Australie, Chili, Corée du Sud, Costa Rica, États-Unis, Maroc, Mexique, Nouvelle-Zélande, Thaïlande et Turquie. Un tableau recensant ces exigences spécifiques est mis à disposition sur Exp@don 1(3) et est mis à jour régulièrement. Une analyse officielle est exigée pour tous les envois de semences de tomate et de poivron vers les départements, régions et collectivités d'outre-mer (Drom). La multiplication de semences de tomate occupait une dizaine d'hectares en France en 2019 (source : Gnis).

La filière semences sur le qui-vive

Selon l'Anses, l'importation de semences ou de plants provenant de zones contaminées est probablement la première source d'introduction de ces virus. Le Gnis SOC (service officiel de contrôle et de certification) a publié le 18 février 2020 une circulaire sur le ToBRFV destinée aux professionnels de la filière semences française(4). Il invite les opérateurs à actualiser leur analyse de risques vis-à-vis du ToBFRV. En cas de suspicion de présence du virus et dans l'attente de résultats d'analyses, il rappelle la nécessité d'isoler immédiatement les productions ou les lots et de mettre en place des mesures de biosécurité adaptées (limiter les accès, désinfecter les matériels, etc.), de cesser l'apposition des passeports phytosanitaires sur les lots concernés, de rassembler les informations de traçabilité relatives aux productions concernées (origine, lots « mères »/« fils », liste des clients...) et de prévenir la délégation régionale du Gnis.

Le Gnis rappelle également aux importateurs de semences ou plants de tomate, piment, poivron ou aubergine qu'un certificat phytosanitaire (CP) est obligatoire. Lorsque les semences proviennent de pays ou zones non indemnes, le lot doit être analysé officiellement et reconnu indemne. En cas de tests, le CP doit donc comporter la mention « Déclaration supplémentaire : tests négatifs ToBRFV ».

Réglementation française : prévention, surveillance et lutte

Arrêté français du 11 mars 2020 : lutte obligatoire

Un arrêté du 11 mars 2020, paru au Journal officiel du 13 mars, prévoit des dispositions à mettre en oeuvre par les opérateurs professionnels détenant des plantations de tomate et poivron/piment dans le cadre de la lutte contre le ToBRFV. Il précise bien que cette lutte est obligatoire sur tout le territoire national. Le préfet de région peut édicter des mesures complémentaires à celles prévues par l'arrêté. Ce dernier prévoit une surveillance par les professionnels sur la base d'examens visuels et d'analyses d'autocontrôle, ainsi que l'élaboration et la mise en oeuvre de mesures de biosécurité. Il leur donne obligation de conserver les informations relatives à la traçabilité des plants, semences, fruits et feuilles (variétés, origine, fournisseurs, clients...), et précise les mesures de gestion des foyers éventuels de ToBRFV.

Suspicion : déclaration et restriction de circulation

En cas de présence ou suspicion de ToBRFV (symptômes, connaissance d'un lien épidémiologique avec des végétaux contaminés ou d'un risque de contamination avéré), tout détenteur, producteur ou utilisateur de semences, plants, fruits et feuilles des espèces Solanum lycopersicum et Capsicum annuum doit en faire la déclaration immédiate auprès de la Direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (Draaf) de la région concernée. Il prend les mesures nécessaires de restriction de circulation et d'isolement de ces végétaux, produits végétaux et autres objets susceptibles d'être contaminés dans l'attente des résultats des analyses officielles.

Plans de surveillance et de gestion du risque

Sur la base d'une analyse de risques (les critères seront précisés par une instruction publiée au bulletin officiel du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation), les opérateurs professionnels doivent élaborer et mettre en oeuvre un plan de surveillance basé sur la réalisation d'examens visuels réguliers et systématiques de leurs productions et sur des analyses d'autocontrôles. Chaque producteur doit définir et mettre en application un plan de gestion du risque phytosanitaire pour l'ensemble de son exploitation détaillant les modalités de séparation physique et fonctionnelle de chaque unité de production, et les conditions d'entrée et de sortie de celle-ci. Ce plan de biosécurité contient a minima :

- une cartographie de l'exploitation avec les différentes unités de production ;

- un plan de circulation des flux dans l'espace et dans le temps, décrivant les circuits entrants et sortants des végétaux, outils, véhicules, palettes et autres matériels, et personnes, ainsi que les conditions associées visant à garantir l'absence d'introduction et de dissémination du virus dans les unités de production (nettoyage-désinfection, mesures relatives au personnel et aux visiteurs : mesures de désinfection, combinaisons, vêtements, gants, surbottes, outils ou tout autre matériel pouvant être vecteur) ;

- un plan de gestion des déchets de production (effeuillage, rebuts, fins de culture), en fin de saison ou en cas de foyer ;

- des autocontrôles visuels et, selon l'analyse de risques, des analyses d'autocontrôles, en consignant leur nature et leur fréquence et toute autre information pertinente relative à ces autocontrôles.

Mesures en cas de contamination

Lorsque des végétaux sont déclarés contaminés par le ToBRFV à la suite d'une analyse officielle positive, l'ensemble de l'unité de production est placée en confinement pour ne permettre aucune sortie de ces végétaux ou de tout autre objet susceptible d'être contaminé. Son accès est restreint.

« Tout opérateur professionnel détenant un lot de semences déclaré contaminé est tenu soit de faire détruire sans délai le lot par incinération, soit de faire procéder à un traitement de décontamination du lot contaminé avec un produit autorisé pour cet usage. Si le lot de semences est de nouveau testé positif après une analyse officielle réalisée après réalisation du traitement de décontamination, l'opérateur professionnel est tenu de faire procéder à sa destruction par incinération. »

Les végétaux - autres que les semences - déclarés contaminés, ou ayant un lien épidémiologique fort avec d'autres végétaux déclarés contaminés, ou susceptibles de faire l'objet d'une contamination croisée, ou présentant des symptômes, ainsi que les substrats, doivent être détruits en totalité par incinération, ou par enfouissement et recouvrement à la chaux vive selon les recommandations de la Draaf.

À la suite de cette destruction, l'opérateur professionnel met en place un vide sanitaire pour les végétaux spécifiés, la désinfection complète du matériel et des locaux avec un produit adapté (usage Traitements généraux*Désinfection*Locx Struct. Matér. (POV)) ou par un traitement par la chaleur. Les insectes vecteurs ou susceptibles de l'être doivent être détruits. Ces mesures de gestion peuvent être précisées par une instruction publiée au Bulletin officiel du ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation. Le confinement est levé dès que les mesures de destruction puis de gestion décrites ci-dessus ont été mises en oeuvre.

« En 2020, un plan de surveillance officiel renforcé sera conduit avec plus de 350 inspections visuelles réalisées en cultures sur poivrons, tomates et aubergines et plus de 500 prélèvements systématiques même en l'absence de symptômes. Le plan de surveillance annuel déployé sur les végétaux et produits végétaux importés depuis les pays tiers intégrera également la recherche de ce virus », informait le ministère de l'Agriculture début février.

(1) www.eppo.int/ACTIVITIES/plant_quarantine/alert_list_viruses/tomato_brown_rugose_fruit_virus(2) https://gd.eppo.int/taxon/TOBRFV/photos(3) https://teleprocedures.franceagrimer.fr/Expadon/docs/admgene/ToBRFV_pays_tiers_V4.5.pdf(4) www.gnis.fr/service-officiel-controle-et-certification/sante-des-vegetaux/virus-tobrfv/