La qualité sanitaire des semences au sein de l'UE

Les semences font l'objet, d'une part, d'analyses afin de détecter la présence d'organismes nuisibles et, d'autre part, d'une réglementation visant à empêcher la propagation des plus dangereux.

Certaines maladies des cultures, provoquées par des champignons, des virus ou des bactéries, peuvent, sous certaines conditions, infecter une plantule issue d'une semence qui porterait ces agents pathogènes. Ce risque d'introduction d'une épidémie potentielle est pris en compte par les semenciers. Une enquête réalisée au sein de l'UFS (Union française des semenciers, voir encadré page suivante) a montré que ces opérateurs professionnels portent leurs propres exigences au-delà des exigences réglementaires mises en place pour empêcher leur dissémination. Ces actions de contrôle suivent les exigences de surveillance du territoire, partie importante du nouveau règlement santé des végétaux (UE) 2016/2031. C'est d'ailleurs par ce biais qu'un nouveau bioagresseur a été identifié, le ToBRFV (Tomato Brown Fruit Rugose Virus), alertant l'Union européenne et l'incitant à des mesures d'urgence afin d'éviter son expansion sur les territoires de l'Union.

Transmission par la semence de l'hôte

Il est estimé qu'un peu moins de 10 % des organismes nuisibles des plantes - en ne prenant en compte que les virus, bactéries et champignons - sont transmissibles par la semence de leur hôte, voire de leurs hôtes, certains bioagresseurs étant capables d'attaquer plusieurs espèces de plantes, mais généralement de la même famille (photos 1 à 3).

Les pertes en culture, à la suite de l'usage de semences contaminées, sont extrêmement difficiles à prévoir et à quantifier. Le taux réel de transmission du bioagresseur, de la semence à la plantule, dépendra des conditions agro-climatiques. Il en va ainsi pour les contaminations secondaires à partir du premier foyer. De plus, même si un organisme nuisible est transmissible par la semence, il peut utiliser d'autres biais pour passer d'une plante infectée à une plante saine (eau, vent, insectes, opérations culturales) ou encore être hébergé par d'autres hôtes tels les plantes adventices.

Une chose est sûre, il faut éviter d'introduire ces organismes pathogènes par cette voie et de nombreux outils le permettent : observer les plantes-mères en production de semences et éliminer celles infectées, pratiquer des tests de détection sur les semences produites, désinfecter les semences, traiter les semences.

Les entreprises semencières, afin de garantir cette qualité sanitaire des semences, utilisent ces outils, au-delà de ce que la réglementation européenne exige. Ces surveillances, au champ ou en laboratoire, permettent aussi une vigilance vis-à-vis de nouveaux bioagresseurs émergents.

Un observatoire sanitaire des semences

Dresser un état des lieux en France

Dans le cadre de ses actions et dans un contexte d'adoption d'un nouveau règlement européen relatif à la santé des végétaux adopté le 26 octobre 2016 (axé sur la prévention de l'entrée ou de la dissémination d'organismes nuisibles aux végétaux sur le territoire de l'Union européenne), l'Union française des semenciers (UFS) avait souhaité mettre en place un observatoire sanitaire des semences. L'objectif était de doter l'UFS de données sur la présence des organismes nuisibles réglementés dans les lots de semences usinés ou produits en France en vue d'argumenter le dialogue réglementaire avec les autorités phytosanitaires, et notamment d'apporter des éléments relatifs à la classification des organismes nuisibles et à l'import/export.

Une enquête auprès des entreprises semencières

Cet observatoire sanitaire a été préparé sous la forme d'une enquête, en collaboration avec le groupe de travail santé des végétaux de l'UFS, et en s'inspirant des réflexions et échanges avec le groupe de travail « Plant Health » d'Euroseeds(1). Quelques entreprises semencières, produisant aussi bien des semences de grandes cultures que des semences potagères, ont été sollicitées pour tester l'opérationnalité du questionnaire avant envoi à tous les adhérents de l'UFS. Le questionnaire portait sur les organismes nuisibles réglementés (au titre de la directive 2000/29/CE(2)) ou non, présents sur les lots(3) produits ou introduits en France pour triage, traitement et conditionnement, afin d'évaluer leur présence, leur possible identification et leur impact sur la production de semences en France (nombre de lots positifs, déclassés ou détruits...). À toutes fins utiles, les entreprises semencières pouvaient également ajouter les organismes nuisibles, non listés, dont elles recherchent la présence sur les lots de semences.

Ce questionnaire a été envoyé aux entreprises adhérentes au pôle « Production et marchés » et aux membres du groupe de travail « Santé des végétaux » (toutes sections confondues), et aux membres du groupe de travail « Qualité sanitaire » de la section « Potagères & florales ».

La première enquête a été lancée le 26 janvier 2017. La période de déclaration choisie était l'année civile 2016. Sur 87 entreprises sollicitées, 25 ont répondu, soit un taux de participation de 29 %. Cette première année a permis d'identifier les personnes-clés à contacter au sein des entreprises semencières adhérentes de l'UFS, et de créer une liste de diffusion pour l'envoi de la seconde enquête. Cette dernière, lancée le 27 février 2018, a porté cette fois sur une analyse des données obtenues sur l'année civile 2017 ; sur les 77 entreprises sollicitées, 32 ont répondu, soit un taux de participation de 42 %.

Les résultats de l'observatoire

Les essais de détection de bioagresseurs portent en majeure partie sur des tests réalisés en laboratoire sur les semences. Selon les résultats des enquêtes, sur 27 713 analyses réalisées en 2016, 95 % (26 177 analyses) se sont révélées négatives ; en 2017, sur 63 623 analyses réalisées, 97 % (61 858 analyses) se sont révélées négatives. Les lots positifs ont été traités ou désinfectés ou détruits.

Le grand nombre d'analyses réalisées chaque année par les entreprises semencières en France pour détecter la présence d'organismes nuisibles représente un coût supérieur à 8 millions d'euros par an (auquel il faut ajouter le coût des observations au champ). 20 à 30 % des analyses ont pour but de détecter la présence d'organismes nuisibles définis comme « de quarantaine » (OQ) selon la réglementation européenne. Mais les entreprises semencières ne limitent pas leurs analyses aux OQ. Elles couvrent une large gamme d'organismes nuisibles. Ainsi, la grande majorité des contrôles sanitaires réalisés par les opérateurs professionnels (de 70 à 80 % des analyses) vise à assurer une qualité des semences, au-delà de ce que la réglementation exige.

Les deux enquêtes ont permis d'apporter des données concrètes de l'état sanitaire des semences produites ou usinées en France. Ces données, partagées auprès d'Euroseeds, ont permis ainsi un dialogue avec le comité phytosanitaire de l'UE afin d'apporter des définitions bien précises quant aux OQ, de définir les bioagresseurs à introduire dans cette catégorie et de créer d'autres catégories. Un organisme nuisible largement détecté sur le territoire ne devait plus avoir l'appellation « de quarantaine ». Mais si ce dernier engendrait un risque important de dégâts en sa présence, il était normal de le réglementer afin d'éviter son développement (exemple : Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli sur semences de haricot).

Ces éléments ont permis d'alimenter les exigences du nouveau règlement sur la santé des végétaux (UE) 2016/2031 relatif aux mesures de protection contre les organismes nuisibles. À la lumière d'une étude diligentée par la Commission européenne et de l'expérience tirée de l'application de la directive 2000/29/CE, il convenait de remplacer cette directive par un règlement permettant d'assurer une application homogène des nouvelles règles au sein des États membres, de gérer l'afflux de nouveaux bioagresseurs engendrés par l'accroissement des flux mondiaux de végétaux et le changement climatique.

Le règlement (UE) 2016/2031 du 26 octobre 2016

Des organismes nuisibles réglementés

Le règlement (UE) 2016/2031 d'octobre 2016 régit la circulation des semences et des plants au sein du territoire de l'Union européenne d'un point de vue phytosanitaire. Dans cet objectif, il pose notamment le principe d'une stratégie préventive pour l'importation de végétaux en provenance de certains pays tiers, et met en place une priorisation des organismes nuisibles associée à la définition de mesures de gestion (dont les règles relatives aux passeports phytosanitaires européens). Il prévoit également l'enregistrement obligatoire des opérateurs professionnels concernés ainsi que d'autres mesures complémentaires.

Par le biais de définitions mieux adaptées, précises et prenant en compte la dangerosité des organismes nuisibles, le texte définit deux grandes catégories : les organismes de quarantaine et les organismes réglementés non de quarantaine.

• Les organismes de quarantaine (OQ) parmi lesquels il convient de distinguer les organismes de quarantaine de l'Union (listés par la Commission européenne), les organismes de quarantaine prioritaires (OQP) et les organismes de quarantaine de zones protégées (OQZP). Ces organismes ne sont pas présents sur le territoire européen (ou alors sur une zone limitée, ou de façon très ponctuelle) et sont réputés susceptibles d'avoir une incidence économique, environnementale ou sociale inacceptable pour le territoire. Ils doivent donc être éliminés. L'annexe I du règlement précise les critères à prendre en compte pour classer un organisme nuisible en OQ et OQP.

• Les organismes régulés (ou réglementés) non de quarantaine (ORNQ), déjà présents sur le territoire de l'UE et réputés susceptibles d'avoir une incidence économique inacceptable sur l'usage prévu. Ils doivent être contrôlés afin de préserver la qualité des productions concernées (cette obligation de contrôle est notamment matérialisée par le passeport phytosanitaire).

Des végétaux et parties de végétaux interdits d'introduction

De cette évaluation préliminaire ont suivi des critères spécifiques et appropriés aux végétaux, produits végétaux ou autres objets concernés. À cette fin, ont été pris en compte les avis ou les études scientifiques de la Convention internationale pour la protection des végétaux (CIPV), de l'Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP), de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) et des autorités compétentes des États membres.

Le règlement santé des végétaux (et son règlement d'exécution 2019/2072 de novembre 2019) prévoit une nouvelle approche pour empêcher que des organismes nuisibles entrent sur le territoire de l'UE en provenance de pays tiers. Dans cette optique, une catégorie de végétaux, produits végétaux ou autres objets présentant un risque élevé a été créée : sur la base d'une évaluation préliminaire, ils présentent un risque phytosanitaire considéré comme inacceptable pour le territoire européen. Leur introduction sur le territoire européen à partir d'un pays tiers est donc interdite.

Une dérogation est prévue à cette interdiction d'introduction d'organismes de quarantaine pour réaliser des analyses officielles, dans un but scientifique ou pédagogique ou encore pour des essais, pour la sélection variétale et l'amélioration génétique. Elle concerne les structures ayant reçu un « agrément quarantaine » pour un organisme nuisible et répondant à des normes de confinement permettant d'éviter la dissémination de cet organisme dans l'environnement.

Si les autorités compétentes ont un rôle essentiel à jouer dans le contrôle et la surveillance de la mise en oeuvre de ce règlement, les opérateurs professionnels(4) ont pour obligation de s'enregistrer auprès des autorités compétentes et de suivre toutes les préconisations concernant l'importation et la circulation des produits végétaux.

Pour assurer qu'une action efficace et rapide est prise lorsque la présence d'un OQ de l'UE est constatée ou soupçonnée, des obligations de notification sont imposées aux États membres, aux opérateurs professionnels et au public.

Le passeport phytosanitaire européen

Le passeport phytosanitaire européen (PP) est un document officiel attestant du respect des dispositions réglementaires européennes relatives aux organismes nuisibles (normes phytosanitaires, exigences particulières) qui accompagne certains végétaux, produits végétaux ou autres objets circulant sur le territoire de l'UE.

Le PP est nécessaire en fonction :

- de l'espèce végétale ;

- du destinataire du végétal ;

- de la destination du végétal (zone protégée).

Un nouveau PP (photo 4) est en place depuis le 14 décembre 2019, plus restrictif que l'ancien. Son format, normalisé, a pour objectif d'harmoniser les pratiques entre États membres et d'apporter plus d'informations sur le végétal concerné :

- le nom de l'espèce végétale en latin (A) ;

- le code ISO 3166 du pays émetteur (exemple : FR pour France) (B) ;

- le code de traçabilité de l'unité commerciale (C) ;

- et le code ISO 3166 du pays d'origine du produit (D).

La notion ZP est ajoutée en cas de zone protégée, ainsi que le code de l'organisme nuisible concerné. Dans l'ancien dispositif, le PP était placé sur le bon de livraison, à présent il est directement apposé sur l'unité commerciale avec un étiquetage distinct. Les anciens passeports édités avant le 14 décembre 2019 ne seront plus valables après le 14 décembre 2023.

Le PP doit être apposé par l'opérateur professionnel après qu'il s'est assuré que ses végétaux sont indemnes d'organismes réglementés. Pour exemple, pour les semences de tomate et piment, il est délivré par la Direction de la qualité et du contrôle officiel de Semae et accompagne les végétaux pour chaque déplacement entre les États membres de l'UE ou même à l'intérieur de la France.

Pour être autorisées à délivrer le PP, les entreprises doivent démontrer qu'elles maîtrisent le risque d'introduire ou de disséminer un organisme nuisible. Pour cela, les entreprises doivent :

- décrire leur processus de production en identifiant les étapes critiques ;

- pour chaque étape critique, déterminer les points de contrôle et définir des mesures de prévention - cette analyse de risque est propre à chaque entreprise ;

- avoir une traçabilité efficace.

Une évaluation de ces critères est effectuée par l'autorité compétente qui décide ou non de l'autorisation par le biais d'audit.

La formation du personnel est aussi un élément important, il s'agit d'être à même de détecter, en culture, des bioagresseurs. L'identification et les moyens à mettre en oeuvre pour les déterminer sont donc primordiaux.

Ainsi, en liaison avec des organismes réglementés, non de quarantaine, les semences de tomate, piment, alliacées, haricot commun et d'Espagne, fève, pois, lin, soja, tournesol, riz, colza, moutarde blanche et pomme de terre sont toutes soumises à passeport phytosanitaire européen.

Règlement spécifique pour un organisme nuisible émergent

Un virus facilement transmissible

Le Tomato Brown Fruit virus, ou ToBRFV, a fait son apparition officielle pour la première fois fin 2014 au sud de l'Israël pour s'étendre ensuite en Jordanie en 2015. Ce virus appartient à la famille des Tobamovirus au même titre que les TMV (Tobacco Mosaic Virus) ou ToMV (Tomato Mosaic Virus) communément trouvés sur les solanacées. L'originalité de ce virus émergent est qu'il surmonte les résistances génétiques de la tomate aux tobamovirus communs cités. Toutes les variétés de tomate sont donc sensibles à ce virus qui provoque décoloration et déformation de feuillage, et pire, décoloration des fruits à maturité (photo 5). Ce virus possède une stabilité telle qu'un simple contact entre une plante contaminée et une plante saine permet sa transmission. En serre, les opérations de taille, à partir d'outils contaminés rendent une épidémie très rapide à partir d'une seule plante infectée. La plupart des tobamovirus sont transmissibles par une semence produite sur une plante infestée et il en est de même pour le ToBRFV.

La mise en place de mesures d'urgence

Face au risque d'introduction de ce bioagresseur au sein de l'UE, il fallait faire adopter des mesures d'urgence vis-à-vis de cet organisme non listé dans les annexes liées au nouveau règlement santé des végétaux. En septembre 2019, l'Union européenne a adopté ces mesures mais la présence de ToBRFV était déjà identifiée en Italie et en Allemagne fin 2018.

Les végétaux sensibles destinés à la plantation, y compris les semences, doivent être soumis à des mesures spécifiques lors de leur introduction dans l'UE (certificat phytosanitaire) ainsi que lors de leur mouvement intra-communautaire (passeport phytosanitaire). Il est entendu que toute introduction ou circulation de l'organisme sont interdites dans l'UE. Toute semence produite dans un pays qui n'est pas considéré indemne de ce virus doit être testée officiellement et trouvée saine avant son entrée sur le territoire européen. Des contrôles par test de détection au laboratoire sont également effectués aux points d'entrée communautaires.

Ces mesures restrictives n'ont pas pu empêcher totalement l'introduction du virus et dès fin 2019, la Belgique, les Pays-Bas et l'Espagne ont connu des épidémies.

Il fallait donc accroître la vigilance et, en août 2020, de nouvelles mesures ont été adoptées. Toutes les semences de solanacées sont concernées, quelle que soit leur origine. Le nouveau règlement d'exécution bannit la méthode Elisa(5) au profit de la méthode PCR(6), retenue pour sa plus grande sensibilité. Les contrôles aux points d'entrée communautaires sont intensifiés.

En octobre 2021, des exigences réglementaires ont été ajoutées. Ainsi, le contrôle aux frontières est accru (au minimum 50 % des livraisons de semences en provenance d'Israël sont testées, 100 % pour celles d'origine chinoise). Des mesures de protection sont mieux définies en cas de détection du virus : en production de semences, tout doit être détruit ; en production de fruits, la culture doit être détruite après la fin de la récolte... Le règlement d'exécution d'origine, en vigueur jusqu'à mars 2022, a été prorogé jusqu'à mai 2023.

Perspectives

Les mesures mises en place ont été partiellement efficaces puisque le virus est établi dans certains pays de l'UE (Pays-Bas, Espagne, Italie). On peut penser que des espèces (plante ou semence) autres que la tomate (jugée comme principal risque) sont susceptibles de véhiculer ce virus.

Producteurs européens de fruits et de plants, avec les semenciers, s'unissent afin d'échanger les bonnes pratiques à suivre en production, basées sur quatre piliers principaux :

- les contrôles des semences de base ;

- la désinfection des outils ;

- la formation du personnel aux bons gestes (exemple : désinfection des mains) ;

- le contrôle de l'eau d'irrigation.

La situation actuelle incite Euroseeds à estimer que le virus ToBRFV correspond maintenant à la définition d'un organisme réglementé non de quarantaine, puisque présent dans de nombreux pays de l'UE.

Côté entreprises semencières, la recherche a progressé et de nouvelles variétés portant une résistance génétique contre le virus ToBRFV voient le jour. C'est assurément la seule voie qui permettra d'avoir une solution espérée durable contre les épidémies de ce nouveau fléau.

(1) Euroseeds représente le secteur européen des entreprises actives dans la recherche, la sélection, la production et la commercialisation de semences d'espèces de plantes agricoles, horticoles et ornementales. Avec plus de 36 associations nationales des États membres de l'UE et au-delà, Euroseeds représente plusieurs milliers d'entreprises de semences, ainsi que 67 membres directs, y compris des industries liées aux semences.(2) La directive 2000/29/CE, du conseil du 8 mai 2000, concerne les mesures de protection contre l'introduction dans la Communauté d'organismes nuisibles aux végétaux ou aux produits végétaux et contre leur propagation à l'intérieur de la Communauté.(3) Le nombre total de lots testés pour un organisme nuisible n'est pas lié à une espèce. Derrière ce nombre, il peut y avoir des lots d'espèces différentes, mais qui ont été testés pour le même pathogène.