On sait depuis longtemps que l'on retrouve des champignons (Fusarium, Pythium et Cephalosporium) sur les racines blessées par le phylloxéra. Des Californiens ont démontré qu'ils accéléraient le dépérissement de la vigne. Ils ont également vu que les blessures étaient les plus infectées au printemps et à l'automne, et que ces pics étaient suivis d'une importante mortalité racinaire.