Les préparations enzymatiques servent à diverses étapes de la vinification : pour la clarification, l'extraction de la couleur, la révélation aromatique, l'amélioration de la filtration, ou l'accélération de l'autolyse des levures durant l'élevage.
Les enzymes sont des catalyseurs biochimiques de nature protéique. Spécifiques d'un substrat et d'une réaction, il en existe plusieurs dans la baie de raisin. Certaines ont une activité intéressante pour la conduite de la vinification. C'est le cas des pectinases et des glucosidases. Cependant, l'ajout de préparations enzymatiques industrielles peut s'avérer utile. En effet, l'activité des enzymes natives est parfois insuffisante, en raison du pH.
Ces préparations servent alors à amplifier et améliorer des phénomènes observés naturellement lors de l'élaboration des vins. De plus, dans le cas des thermovinifications, les enzymes du raisin étant dénaturées par la chaleur, l'utilisation de ces préparations devient indispensable.
La législation n'autorise l'ajout que de deux types d'enzymes pour un usage précis qui est la clarification des moûts ou des vins : les enzymes pectolytiques et les bêtaglucanases. Cependant, les préparations sont obtenues en orientant le métabolisme de certains micro-organismes comme Aspergillus ou Trichoderma. Elles entraînent donc un certain nombre d'activités secondaires dues à des cellulases, des hémicellulases ou des glucosidases. Dans la majorité des cas, ces activités sont bénéfiques. Néanmoins, elles peuvent être préjudiciables. Ainsi, durant la phase d'extraction et de macération, il est préférable d'éviter les activités glucosidasiques. En effet, en rompant les liaisons entre les molécules glucidiques et les anthocyanes, elles provoquent l'insolubilisation de ces dernières, ce qui induit une perte de couleur. Les préparations dotées de ces propriétés sont à utiliser après les fermentations. La cynnamil estérase est un autre exemple d'activité néfaste (voir encadré). A la différence de la précédente, elle n'est jamais recherchée.
Les préparations commerciales s'emploient dans des buts divers. Ainsi, les enzymes pectolytiques (pectine-méthyl-estérase, polygalacturonase, pectine lyase), les cellulases et hémicellulases permettent, en fragilisant les parois cellulaires du raisin, d'améliorer le rendement en jus et l'extraction des composés phénoliques et aromatiques. Les enzymes pectolytiques facilitent également l'opération de débourbage des moûts blancs et la clarification des moûts et des vins, améliorant ainsi leur filtrabilité. Les glucosidases, quant à elles, révèlent les composés aromatiques comme les terpénols, les norisoprénoïdes et certains phénols volatils. Les bêtaglucanases améliorent la filtrabilité des vendanges botrytisées par dégradation de certains glucanes colmatants produits par Botrytis cinerea. Enfin, lors de l'élevage, les bêtaglucanases et les pectinases sont utilisées, d'une part, pour améliorer la filtrabilité et, d'autre part, pour accélérer les phénomènes naturels d'autolyse des levures.
Le choix d'une enzyme est donc à raisonner en fonction de l'action attendue : clarification, extraction, révélation aromatique ou élevage. Il faut également tenir compte des plages de températures pour lesquelles l'enzyme est active. En ce qui concerne le pH, les enzymes commerciales sont généralement actives au pH oenologique. Au niveau pratique, il convient de tenir compte du temps de conservation des enzymes. Enfin, celles-ci réagissant avec l'épiderme, on les préfèrera sous forme de granulés afin d'éviter les poussières.
Au même titre que n'importe quel produit oenologique, il est nécessaire de bien raisonner leur utilisation. En effet, leur usage peut parfois avoir des conséquences néfastes sur le vin comme, par exemple, une clarification trop poussée due aux pectinases ajoutées pour faciliter le débourbage. De plus, les enzymes étant avant tout des protéines, l'ajout de bentonite doit être réalisé après leur action.
Toutefois, on peut procéder à un enzymage après collage à la bentonite, à condition de veiller à ce que celle-ci ait bien été éliminée.