Si le choix de l'impôt sur les sociétés permet, dans certains cas, de diviser par deux les prélèvements sociaux et les impôts, ce système ne présente pas que des avantages. L'abattement pour adhésion à un centre de gestion n'est pas possible, contrairement à ce qui se pratique dans le cadre de l'imposition sur le revenu.
De même, la déduction pour investissement (DPI), intéressante si elle est utilisée à bon escient, n'est pas accessible. Les jeunes vignerons qui bénéficient du statut de jeune agriculteur se voient octroyer un abattement de 50 % des impôts sur le revenu pendant les cinq premières années. Aucune réduction n'est accordée avec le régime de l'IS, qui est à exclure pendant cette période d'installation.