Avec des recettes en baisse d'1 Mdeuros en deux ans, le budget de la MSA est dans le rouge. Le déficit prévisionnel pour 2005 est estimé à 1,5 Mdeuros. Pour l'instant, le ministère des Finances n'a rien prévu pour rétablir l'équilibre. La MSA demande le même traitement que le régime général, dont 35 Mdeuros de dettes ont été reprises par l'Etat entre 2002 et 2004.
Dans ce contexte déficitaire, aucun financement n'est prévu pour Agridiff.