Visite de l'Unité de quarantaine de Clermont-Ferrand, rattachée au LSV de l'Anses

Le 1er janvier 2011, le Laboratoire de la santé des végétaux (LSV, ex-LNPV, Laboratoire national de la protection des végétaux) a rejoint l'Anses (1). Rattaché auparavant à la Direction générale de l'alimentation (DGAL) du ministère chargé de l'agriculture, son intégration à l'Anses s'inscrit dans la logique de séparation de l'évaluation et de la gestion des risques (2). Au sein de ce laboratoire, la « Station de Clermont-Ferrand, Unité de Quarantaine » située à Lempdes (Marmilhat) est unique en France. Sa mission : permettre, en toute sécurité sanitaire, l'introduction de végétaux issus de pays tiers en vue de travaux de recherche scientifique.

Le Laboratoire de la santé des végétaux (LSV) est l'un des laboratoires de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses : http://www.anses.fr). C'est le Laboratoire national de référence dans le domaine des analyses phytosanitaires au sens du décret n°2006-7 du 4 janvier 2006 du Ministère chargé de l'agriculture.

Ce qu'est le LSV

Ses attributions couvrent l'ensemble des organismes nuisibles aux plantes (principalement : arthropodes, bactéries, champignons, nématodes, virus et assimilés), les plantes invasives et la détection des OGM.

Le LSV regroupe environ 80 agents et possède 6 implantations géographiques :

– à Angers : la Direction du LSV, et l'Unité de bactériologie, virologie, OGM,

– à Rennes : l'Unité de nématologie,

– à Nancy : l'Unité de mycologie,

– à Montpellier : l'Unité d'entomologie et plantes invasives,

– à Saint-Pierre (La Réunion) : l'Unité des ravageurs et agents pathogènes tropicaux,

– à Clermont-Ferrand : l'Unité de quarantaine.

Trois missions principales

Les missions principales du LSV, coordonnées par deux unités transversales basées à Angers (Unité développement des méthodes et analyses et Unité expertise des risques biologiques), sont les suivantes :

• Assurer la formation et l'animation du réseau de laboratoires agréés par le Ministère chargé de l'agriculture, pour la réalisation des analyses dans le domaine phytosanitaire ; organiser des essais inter-laboratoires d'aptitude pour garantir la fiabilité du réseau.

• Développer des méthodes d'analyses et de diagnostic et élaborer les Méthodes officielles d'analyses publiées au Bulletin officiel du ministère chargé de l'agriculture. Les méthodes officielles, au sens du décret 2006-7 du 4 janvier 2006, sont celles validées par le Ministère chargé de l'agriculture pour l'utilisation dans le cadre des actes officiels relevant de ses services (plans de contrôle et de surveillance, contrôles à l'importation et à l'exportation...) Elles concernent le diagnostic, la détection ou l'identification d'organismes nuisibles aux cultures, d'organismes envahissants ou d'OGM, pour le domaine d'application précisé dans la méthode. Elles servent de « méthodes publiées » au sens de la norme NF EN ISO/CEI 17025 pour l'accréditation des laboratoires par le Cofrac (Comité français d'accréditation). Elles seront mises en œuvre notamment par les laboratoires agréés.

• Expertiser les risques biologiques et réaliser des analyses de risques phytosanitaires (ARP). Ces ARP permettent à l'Organisation nationale de la protection des végétaux (ONPV) française [Ministère chargé de l'agriculture, DGAL, Sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux (SDQPV)] de déterminer si un organisme nuisible doit être réglementé (ou déréglementé), ainsi que la nature des mesures phytosanitaires éventuelles à prendre à son égard. Le LSV apporte ainsi appui et conseil aux services de l'État.

Dans tous ces domaines, les équipes du LSV participent aussi à des projets collaboratifs de niveau national et international.

Partage des tâches

Ainsi, sauf quelques cas où des analyses n'ont pas pu être déléguées aux laboratoires agréés, le LSV n'effectue pas lui-même d'analyses de détection en routine. Elles sont du ressort du réseau de laboratoires agréés par le ministère : ces laboratoires traitent par exemple les analyses demandées par les Services régionaux de l'alimentation (SRAL) dans le cadre de la surveillance du territoire. En revanche, le LSV intervient en second niveau pour réaliser, à la demande des SRAL, des analyses de confirmation sur du matériel végétal ayant déjà fait l'objet d'analyses de détection en routine.

Matériel pour expérimentation, un cas particulier

Enfin, une place particulière est réservée pour garantir l'innocuité du matériel végétal importé et destiné à des travaux expérimentaux, notamment sur la sélection variétale.

C'est le rôle prépondérant de la Station de Clermont-Ferrand, Unité de quarantaine. Elle rassemble sur un site unique tous les moyens nécessaires pour assurer un service de qualité aux usagers qui ont besoin d'importer du matériel végétal normalement interdit d'entrée sur le territoire de l'Union Européenne.

L'Unité de quarantaine a pour mission première de garantir la qualité sanitaire de matériels végétaux légalement importés sous dérogation, depuis des pays tiers, à des fins scientifiques ou de création variétale.

Réglementation européenne et quarantaine

Prévention en Europe

La réglementation phytosanitaire européenne et les exigences sanitaires relatives aux végétaux sont définies par la directive 2000/29/CE du 8 mai 2000, concernant les mesures de protection contre l'introduction dans la Communauté d'organismes nuisibles aux végétaux ou aux produits végétaux et contre leur propagation à l'intérieur de la Communauté.

Cette directive liste notamment :

• Les organismes nuisibles réglementés interdits d'introduction dans l'Union européenne lorsqu'ils proviennent de pays tiers. Ces organismes sont absents du territoire de l'Union ou présents localement et sous contrôle officiel de l'Organisation nationale de la protection des végétaux (ONPV) concernée ; la réglementation vise à empêcher leur introduction et leur dissémination, car ces organismes risquent de causer d'importants dommages économiques et/ou écologiques.

• Des matériels végétaux interdits d'introduction dans l'Union européenne lorsqu'ils proviennent de pays tiers. Ces matériels sont estimés « à risque », pouvant transporter de nombreux organismes nuisibles réglementés.

• Des matériels végétaux devant répondre à des exigences sanitaires précises pour pouvoir entrer dans l'Union ; ils doivent être munis d'un Certificat phytosanitaire délivré par le pays d'origine à l'issue de contrôles garantissant leur état sanitaire, en particulier l'absence des organismes nuisibles visés par la directive.

En bref, la directive 2000/29/CE interdit l'entrée sur le territoire de l'Union européenne de certains matériels végétaux et des matériels qui ne répondent pas à ses exigences sanitaires.

Pour la recherche et la sélection

Cependant, et afin de permettre des travaux scientifiques et de sélection variétale, une dérogation a été instituée par la directive 2008/61/ CE. Ce texte organise la quarantaine postentrée de végétaux sur le territoire de l'Union européenne, ces végétaux étant introduits en dérogation à la directive 2000/29/CE.

De tels végétaux sont nécessaires à la recherche agronomique : programmes de sélection variétale, recherches fondamentales...

Ils intéressent les instituts et stations de recherche, et aussi des pépiniéristes obtenteurs de nouvelles variétés (principaux introducteurs de matériel végétal à la station de Clermont-Ferrand). Le but de la quarantaine est de garantir l'innocuité des matériels végétaux introduits avant leur mise en circulation sur le territoire de l'Union européenne.

Missions de la station de Clermont-Ferrand, Unité de quarantaine

Quarantaine obligatoire

Ainsi, la station de quarantaine reçoit du matériel végétal interdit d'introduction sur le territoire de l'Union européenne, ou du matériel végétal qui ne répond pas aux exigences sanitaires de l'Union européenne.

Par exemple, pour du matériel végétal autorisé dans le cadre de la directive 2000/29/CE, certains introducteurs n'arrivent pas à obtenir de certificat phytosanitaire du pays d'origine pour importer ce matériel directement. Ils passent donc par la station de quarantaine. Celle-ci joue alors son rôle qui est de recevoir du matériel végétal qui ne répond pas aux exigences de la directive 2000/29/CE (en l'occurrence : absence de Certificat phytosanitaire).

La station de quarantaine reçoit aussi du matériel végétal interdit de circulation sur le territoire de l'Union européenne. C'est le cas de matériel issu de zones contaminées par la maladie de la sharka (due au PPV, Plum Pox Potyvirus) : il ne peut réglementairement sortir de ces zones contaminées, à destination de zones indemnes, qu'en suivant un processus de quarantaine.

Quarantaine comme garantie

Enfin, certains introducteurs, même s'ils peuvent rentrer du matériel végétal directement chez eux, préfèrent passer par la station de quarantaine pour avoir un diagnostic sanitaire du matériel importé. C'est dans ce cas le désir d'une garantie et non une exigence réglementaire.

Diagnostic

La station de Clermont-Ferrand, Unité de quarantaine, participe à l'ensemble des missions du Laboratoire de la santé des végétaux.

Ainsi, elle est laboratoire national de référence pour les analyses relatives à la maladie de la sharka ; à ce titre, elle organise les essais interlaboratoires d'aptitude des laboratoires agréés pour le diagnostic de cette maladie et effectue les analyses de confirmation demandées par les SRAL. L'Unité est aussi laboratoire de référence pour les virus de la pomme de terre et des agrumes.

Surveillance

Sur demande de la DGAL, elle participe aussi au plan national de surveillance des cultures de pomme de terre, en effectuant les analyses sur les collections de géniteurs des établissements producteurs régionaux contrôlées par les SRAL. En l'attente d'une délégation à des laboratoires agréés, l'Unité effectue aussi des analyses de recherche du PSTVd (Potato Spindle Tuber Viroid) sur pomme de terre.

Enfin, l'Unité participe aux expertises demandées par la DGAL au LSV, notamment dans le domaine de l'agrément des structures de confinement des instituts de recherche, dans le cadre de la directive 2008/61/CE.

Quarantaine post-entrée

Mais le cœur de métier de l'Unité consiste à réaliser la quarantaine post-entrée de matériels végétaux introduits sur le territoire de l'Union européenne conformément à la directive 2008/61/CE. Les activités de quarantaine de la station de Clermont-Ferrand répondent ainsi strictement à la mise en œuvre de cette directive européenne et sont strictement encadrées par ces dispositions réglementaires.

De fait, les seuls végétaux autorisés à la station sont destinés à des travaux de recherche scientifique et de sélection variétale. L'importation de ces végétaux est soumise à contrôle du SRAL Auvergne qui délivre les documents officiels nécessaires à leur transfert jusqu'à la station (« Lettre officielle d'autorisation »).

Pas d'échantillonnage, l'intégralité

L'intégralité du matériel végétal doit être testée (analysée) lors du processus de quarantaine, dont la durée réglementaire minimale est d'un cycle complet de végétation.

La directive 2008/61/CE impose de rechercher tout organisme nuisible réglementé. Ils sont listés notamment par la directive 2008/61/CE, par la directive 2000/29/CE, et par l'arrêté du 31 juillet 2000 établissant la liste des organismes nuisibles aux végétaux, produits végétaux et autres objets soumis à des mesures de lutte obligatoire.

La station recherche tous les organismes nuisibles réglementés et eux seuls. Mais si les circonstances l'exigent (ex. mesures d'urgence), la DGAL peut donner une liste complémentaire d'organismes à rechercher.

Le rôle du Service régional de l'alimentation (SRAL) Auvergne

Le SRAL Auvergne, gestionnaire local du risque phytosanitaire, agrée réglementairement les installations de la station de quarantaine pour l'activité de quarantaine post-entrée au sens de la directive 2008/61/CE, et contrôle réglementairement les activités de la station.

Une zone protégée feu bactérien a été délimitée autour de la station. Le SRAL y mène des prospections afin de s'assurer de l'absence de la bactérie responsable, Erwinia amylovora, et, à cette occasion, recherche des symptômes de maladies pouvant être causées par des organismes nuisibles réglementés, ceci afin de circonscrire tout échappement éventuel depuis la station vers le milieu environnant.

À l'issue du processus de quarantaine et au vu des résultats des analyses, le SRAL Auvergne délivre ou refuse la mainlevée officielle qui permet la mise en circulation du matériel végétal sur le territoire de l'Union Européenne.

Sécurisation sanitaire du matériel végétal à l'entrée en quarantaine

Dans le cadre de l'assurance qualité, l'Unité de Quarantaine a mis en place un certain nombre de procédures visant non seulement à sécuriser les cultures dans ses installations, mais aussi à limiter les risques sanitaires sur le matériel végétal entrant en quarantaine.

Quantité et nature du matériel végétal

Seule la quantité de matériel végétal nécessaire à la multiplication de la variété et aux analyses est introduite à la station. Et seul le matériel végétal qui présente le risque sanitaire le plus faible est accepté.

Dans le cas des fruitiers et de la vigne, pour éliminer tout problème sanitaire lié aux pathogènes du sol et du système racinaire, la station reçoit uniquement des rameaux aoûtés à l'état dormant pour greffage ou bouturage.

Pour les pommes de terre, la station reçoit de préférence des vitroplants, à défaut des graines et, à défaut, des tubercules.

Opérations à réception

À réception, le colis contenant le matériel végétal est ouvert sous poste de sécurité microbiologique dans un laboratoire confiné équipé d'une filtration à haute efficacité (HEPA). Le matériel subit une désinfection de surface, un traitement insecticide et un traitement fongicide. Des analyses par observation visuelle sous binoculaire sont menées. En cas de détection d'un organisme nuisible réglementé ou non, le matériel est détruit afin de protéger les cultures présentes dans les installations. On élimine ainsi, autant que faire se peut, tout organisme nuisible épiphyte dès réception du matériel végétal.

Il y a des prélèvements complémentaires pour analyses systématiques : bactériologie, virologie par indexage biologique notamment. Ces analyses sont définies au préalable selon l'espèce et la nature du matériel végétal. Le laboratoire d'analyses de l'Unité de quarantaine est spécialisé dans les organismes nuisibles endophytes : virus et organismes analogues (viroïdes et phytoplasmes) surtout.

Mise en culture et analyses sanitaires

Programme

Le matériel végétal qui entre à la station de quarantaine fait l'objet d'une multiplication végétative. Le matériel végétal issu de cette multiplication est constitué de 3 plants issus des baguettes-greffons et obtenus par greffage dans le cas des fruitiers, 3 plants issus de bouturage dans le cas de la vigne, et des vitroplants dans le cas des pommes de terre.

Il fera ensuite l'objet :

– d'analyses de laboratoire systématiques pour les organismes nuisibles réglementés endophytes,

– d'analyses par observations visuelles systématiques pour la recherche de symptômes, et prélèvements complémentaires dans le cas de la présence de symptômes, tout au long de la culture des plantes. Ces prélèvements seront analysés par les stations compétentes du LSV ; dans ce cas, tous les organismes nuisibles réglementés sont visés (entomologie, mycologie, bactériologie, etc.).

Procédure

Chaque végétal suit un processus de quarantaine conforme à une procédure interne régissant les schémas de quarantaine, construits à partir des exigences réglementaires et techniques fournies notamment par l'Union Européenne, l'IPPC (International Plant Protection Convention), la FAO-IPGRI (éditeur des « Technical guidelines for the safe movement of germplasm »), l'œPP (Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes, qui est l'Organisation régionale de la protection des végétaux pour l'Europe géographique au sens de l'IPPC) et l'ONPV française (Ministère chargé de l'agriculture, DGAL et SRAL).

Le processus comprend les différentes étapes d'analyses au cours de la vie du végétal à la station, depuis sa réception jusqu'à sa sortie de quarantaine. Il a pour objet de s'assurer de l'état sanitaire du végétal et de sa conformité à la réglementation.

Toutes les opérations en culture (greffage, bouturage, analyses par indexage biologique, suivi sanitaire) se déroulent dans des installations confinées et sécurisées afin d'éviter tout échappement d'organisme nuisible éventuel dans le milieu environnant ; les autres analyses se font en laboratoire.

Techniques utilisées

Pour réaliser le processus de quarantaine, l'unité utilise diverses techniques :

– multiplication des végétaux en culture in vitro ;

– multiplication par greffage ou bouturage avec culture en serres de confinement ;

– surveillance sanitaire des cultures et des plantes en quarantaine pendant leur développement végétatif ; deux objectifs sont visés :

i) sur toutes les cultures, élimination de tout vecteur de virus et organismes analogues (notamment les insectes piqueurs-suceurs) et maîtrise de toute maladie ou ravageur susceptible de perturber les activités et les analyses,

ii) pour les plantes en quarantaine, détection de tout symptôme pouvant être attribué à un organisme nuisible réglementé ;

– production en culture in vitro de végétaux indicateurs pour analyses par indexages biologiques ;

– analyses biologiques : indexages biologiques sur indicateurs ligneux ou herbacés ; les indicateurs biologiques sont des végétaux sensibles à une maladie donnée, qui extériorisent des symptômes visibles après inoculation de cette maladie. On les utilise pour mettre en évidence des maladies qui passent inaperçues sur des végétaux non sensibles introduits en quarantaine et pouvant être porteurs sains d'organismes réglementés ;

– analyses de laboratoire : tests ELISA et biomoléculaires (PCR notamment).

Détruit ou restitué

Tout matériel végétal reconnu contaminé par un organisme nuisible réglementé fait l'objet d'une destruction par autoclave dans les installations de la station.

En fin de processus de quarantaine, le matériel végétal reconnu indemne d'organisme nuisible réglementé est restitué à l'introducteur, qui peut alors en disposer librement.

Important à souligner : conformément aux exigences de la directive 2008/61/CE, l'intégralité du matériel végétal en quarantaine est testée, la station n'effectue pas d'échantillonnage.

Seul le matériel analysé pourra recevoir, de la part du SRAL Auvergne, une autorisation de mise en circulation. Cette autorisation, valable pour les végétaux analysés lors du processus de quarantaine, ne permet pas d'importer d'autres végétaux de même provenance et variété. En général, un introducteur de matériel végétal récupère trois plants en sortie de quarantaine, qu'il pourra ensuite multiplier en quantité suffisante pour son activité.

Les moyens de la station de quarantaine

Les installations et leur histoire

La station de Clermont-Ferrand dispose d'installations de niveaux de confinement différents pour gérer en parfaite sécurité biologique l'entrée des végétaux potentiellement à risque sur le territoire de l'Union européenne.

En 1998, la station a été dotée d'un laboratoire moderne et de serres NS2 (niveau de sécurité garantissant le non échappement d'organismes nuisibles par voies solide et liquide). S'y est ajouté en 2003 un tunnel insect-proof de culture du matériel végétal sain (ex. porte-greffes nécessaires à la multiplication des fruitiers).

Depuis 2009, elle dispose, de plus, d'une enceinte confinée de type NS3 (niveau de sécurité garantissant le non échappement d'organismes nuisibles par voies solide, liquide et aérienne avec filtration HEPA) de 525 m² comportant 11 chambres climatiques. Il fallait construire cette zone de confinement de niveau de sécurité biologique maximal pour répondre aux besoins croissants des usagers. Les serres NS2 et l'enceinte NS3 permettent à la fois de recevoir les végétaux en quarantaine et d'effectuer les analyses par indexage biologique.

Quelques chiffres

L'équipe de l'Unité se compose de 11 agents : 4 ingénieurs, 6 techniciens, une secrétaire.

En 2010 elle a reçu, du monde entier, 179 fruitiers et vignes, 10 agrumes, 43 pommes de terre ; elle a effectué 2 300 analyses ELISA, 900 PCR et 1 100 indexages biologiques dans le cadre de la quarantaine de ces végétaux.

Afin de mener à bien ces analyses, l'unité doit disposer de témoins positifs ; pour ce faire elle entretient deux conservatoires des maladies (virus, viroïdes et phytoplasmes), l'un in vitro pour la pomme de terre, l'autre in vivo pour les fruitiers (agrumes compris) et la vigne.

Démarche d'accréditation qualité

La station s'est engagée dans une démarche d'assurance qualité depuis 2000 pour garantir la valeur des rapports d'analyses produits. En 2005, elle a obtenu sa première ligne d'accréditation par le Cofrac pour la détection du Plum Pox Potyvirus (PPV, agent de la sharka) par la méthode DAS-ELISA. La portée d'accréditation s'étend maintenant aux analyses de détection des virus de la vigne et à la détection de l'Andean Potato Mottle Comovirus (APMoV) de la pomme de terre. Prochain objectif : l'accréditation pour la détection du Citrus tristeza closterovirus (CTV) ; tout cela par ELISA.

Transmission de savoir

L'unité de quarantaine est impliquée dans divers partenariats régionaux et nationaux (professionnels de la sélection variétale, recherche publique et privée, laboratoires spécialisés...). Ses liens avec l'enseignement sont multiples : visites des installations, stages, appuis techniques et scientifiques. Depuis quelques années, elle tisse des liens avec les autres stations de quarantaine et laboratoires européens concernés par des problématiques communes.

Avec sa nouvelle enceinte de confinement maximal, elle fait référence à l'échelle internationale : elle est visitée régulièrement par des délégations étrangères intéressées.

En médaillon haut de page, symptômes de sharka (virus PPV) sur indicateur pêcher GF305 : déformations et décolorations des feuilles.

<p>* Anses, LSV, Station de Clermont-Ferrand.</p> <p>(1) Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.</p> <p>(2) Cette intégration fait suite aux états généraux du sanitaire conduits en 2010 dans les domaines du végétal et de l'animal par le ministère chargé de l'agriculture.</p>