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Maladie de la jambe noire avec pourriture humide de la base des tiges. Photo : FN3PT
Fig. 1 : Surfaces de production de plant de pomme de terre en France En 2019, la production plants de pomme de terre a poursuivi sa dynamique avec des surfaces en progression (23 102 ha, soit plus de 30 % depuis 2014). Globalement, la France se place au 2e rang des producteurs européens, derrière les Pays-Bas et devant l'Allemagne et la Grande-Bretagne. Source : Gnis.
Fig. 2 : Nombre annuel d'analyses sur les plants de pomme de terre
2. Symptômes foliaires de virus Y de la pomme de terre. 3 Photos : FN3PT
Galeries provoquées par les larves de taupins dans les tubercules de pomme de terre.
Criblage d'espèces végétales non favorables à la multiplication des nématodes du genre Meloidogyne. Photo : FN3PT
D'importants programmes de recherche et de prévention sont conduits pour garantir la qualité sanitaire des plants de pomme de terre qui est un enjeu majeur pour la réussite des cultures suivantes face au large cortège parasitaire, à l'importance des échanges commerciaux, aux rigoureuses exigences réglementaires et à celles des utilisateurs, dans un contexte de restriction des produits phytosanitaires.
Une année 2019 contrastée
L'année 2019 aura été caractérisée par de bonnes conditions de plantation et de levée, suivies par des situations plus contrastées selon les zones de production, avec un été particulièrement chaud et sec dans les zones intérieures et des conditions d'arrachage parfois difficiles en zone maritime.
Cela s'est traduit par des pressions parasitaires variables dans les cultures et des incidences sur les récoltes fortement dépendantes de la climatologie mais également d'autres facteurs comme les variétés ou les stratégies de prévention et de protection.
Les faits marquants sur les principaux bioagresseurs sont détaillés ci-dessous et montrent l'impact du retrait de certaines substances actives ainsi que l'importance des actions de prévention et de recherche de la filière plant (voir encadré ci-contre).
Maladie bactérienne de la jambe noire
Étude des populations bactériennes
La maladie de la jambe noire (photo 1), causée par des bactéries des genres Pectobacterium et Dickeya, est régulièrement la première cause des refus et déclassements en production de plant, que ce soit en France ou à l'étranger. L'expression de la maladie a été plus limitée en 2019 du fait des conditions climatiques, mais la jambe noire demeure une source potentielle de litiges à destination et de déclassement des cultures pouvant se traduire par d'importantes pertes économiques pour la filière plant de pomme de terre.
Une épidémiosurveillance continue est réalisée en parcelles afin de suivre en temps réel les populations bactériennes associées aux symptômes de jambe noire, d'étudier leur diversité et de mettre en lumière leur évolution. Plus d'une centaine de parcelles ont été échantillonnées en 2019 et ont permis de collecter 244 souches bactériennes qui ont fait l'objet d'une caractérisation poussée. Les études au niveau génomique ont permis d'identifier plusieurs espèces non précédemment décrites, comme Pectobacterium versatile, et de contribuer à la profonde révision actuellement en cours au niveau international de la taxonomie au sein du complexe d'espèces connu auparavant sous le nom de Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum.
Outils de détection
Les recherches en cours portent aussi sur le développement d'outils de détection, l'évaluation du caractère prédictif des tests sur tubercules, la connaissance de la maladie, avec ses facteurs de risque et déterminisme génétique ainsi que l'étude du comportement de ressources génétiques pour la résistance à Pectobacterium et Dickeya.
En matière de détection, les dernières avancées concernent le développement et l'évaluation d'outils moléculaires de détection en temps réel. Seize outils de détection de type PCR en temps réel (technologie TaqMan) ciblant différentes espèces bactériennes ont ainsi été évalués et un nouvel outil Taq-Man pour la détection simultanée de trois cibles bactériennes est en cours de développement. Les travaux visent également à optimiser les protocoles d'analyse avant leur transfert aux laboratoires plant pour une application en routine.
Maladies à virus : une vigilance accrue
Diminution des solutions chimiques contre les pucerons
Responsables de la dégénérescence des cultures, les maladies à virus de la pomme de terre sont transmises principalement par des pucerons vecteurs. Le schéma de sélection sanitaire des plants (matériel de départ issu de culture in vitro, production dans un environnement favorable, épurations, protection des cultures par des huiles et insecticides, inspections au champ et en laboratoire, etc.) permet de les maîtriser et de limiter les refus et déclassements. Le retrait progressif de la plupart des insecticides (dont l'interdiction en 2018 des néonicotinoïdes) et le réchauffement climatique favorisent les populations aphidiennes et donc le risque de transmission de virus. Si la situation demeure globalement maîtrisée en France, on voit déjà dans des pays voisins des augmentations sensibles des taux de déclassements dus aux virus. Cela pose aussi la question de l'avenir des variétés de pomme de terre les plus sensibles aux virus et en particulier au virus Y, qui représente l'essentiel des infections virales et dont certaines souches causent des nécroses sur tubercules (PTNRD Potato Tuber Necrotic Ringspot Disease).
Développement d'alternatives
Face à ce défi, il est important de développer des stratégies alternatives de protection. L'une des pistes est d'optimiser les traitements de protection à base d'huiles minérales ou végétales en fonction du développement du couvert de la culture, à l'aide de capteurs permettant le suivi en temps réel de la croissance de la plante.
Une autre voie est la résistance génétique des plantes, en utilisant des variétés moins sensibles. À plus long terme, il s'agit d'identifier le déterminisme de la résistance pour l'exploiter dans la sélection de nouvelles variétés de pomme de terre.
Enfin, des outils de détection performants sont indispensables pour s'assurer de la qualité sanitaire des plants. Cela concerne d'abord les tests sérologiques Elisa qui sont utilisés chaque année en France sur plus de 1,5 million de plantes de pomme de terre. Plus récemment, un nouvel outil moléculaire de type PCR en temps réel a été développé en collaboration entre la FN3PT et l'Inrae. Il permet le diagnostic précoce des infections virales, directement sur les tubercules récoltés. La technologie a été transférée depuis 2015 aux laboratoires de Bretagne-Plants, du Comité Nord et du Comité Centre et Sud qui ont traité ainsi en 2019 près de 30 000 tubercules, essentiellement afin d'exporter plus rapidement les plants. Initialement développé pour le virus Y, l'outil est aujourd'hui décliné aussi pour la détection d'autres virus (PLRV, TRV et/ou PMTV) et en multiplexage(1).
Taupins, des dégâts encore importants
La situation demeure préoccupante dans certaines zones de production comme en Bretagne avec de nombreuses parcelles touchées par des attaques de taupins, et parfois fortement, sur des lots arrachés tardivement.
Les espèces de taupins identifiées sont généralement les trois espèces à cycle long (Agriotes lineatus, A. sputator et A. obscurus) et plus rarement A. sordidus. Dans d'autres régions comme dans le Sud-Ouest, le Nord ou le Centre-Val de Loire, le temps plus sec de l'année a entraîné des dégâts moins importants en plants, mais en revanche des attaques ont été signalées chez de nouveaux producteurs de plants ainsi que par des opérateurs de pomme de terre de consommation qui ont rencontré des problèmes sur certains lots, ayant demandé un triage important. Face à l'absence de traitement efficace, des actions de recherche sont indispensables pour mieux comprendre les facteurs de risque et développer des solutions pour maîtriser ces ravageurs.
Mildiou : une pression variable
La situation « mildiou » en plant de pomme de terre a été comparable à celle décrite en pomme de terre de consommation avec une pression parfois forte en juin mais globalement bien maîtrisée. Le bilan montre l'intérêt de l'utilisation de variétés résistantes.
Maladies superficielles des tubercules
Un ensemble d'agents fongiques et bactériens peuvent causer des altérations superficielles des tubercules (gales communes, rhizoctone, gale argentée et gale poudreuse) qui sont décrites dans un site web dédié à leur diagnostic (www.potato-tuber-blemishes.com). Les notations sur lots ont permis d'évaluer la présence notamment de gale commune, rhizoctone ou gale argentée sur les tubercules et d'orienter les expéditions de lots en fonction des cahiers des charges des destinataires, notamment à l'export. Parmi les avancées récentes, on peut citer la mise au point par l'équipe RD3PT basée à l'Inrae d'un outil PCR en temps réel pour détecter directement Spongospora subterranea, agent de la gale poudreuse, dans les substrats de culture ou les sols. Cet outil a été utilisé dans des études épidémiologiques et préventives, ou pour l'évaluation du comportement variétal. Une étude prospective a également été conduite pour évaluer la diversité microbienne des tubercules présentant des symptômes typiques ou atypiques d'altérations superficielles par une approche de métagénomique, avec des premiers résultats intéressants sur la caractérisation des communautés microbiennes bactériennes et fongiques présentes sur les tubercules.
Maladies de conservation
Prévenir les maladies de conservation comme les fusarioses passe par un ensemble de mesures prophylactiques : hygiène des exploitations, limitation des blessures, séchage des récoltes, etc.
Face au signalement récent de cas de pourriture aqueuse, une étude a été mise en place pour en évaluer les agents responsables et les facteurs de développement. Un échantillonnage de lots a été réalisé dans les trois régions de production de plant de pomme de terre depuis 2016, en collaboration entre la FN3PT, les organisations de producteurs et l'Inrae. Les travaux ont permis d'identifier huit espèces de Pythium associées aux pourritures aqueuses et d'en caractériser l'agressivité. Un test de laboratoire a aussi été mis au point pour évaluer la sensibilité variétale.
Organismes nuisibles réglementés et émergents
Afin d'éviter l'introduction ou la dissémination des organismes nuisibles réglementés (ONR) ou émergents, d'importants programmes de surveillance des parcelles de plant et des tubercules récoltés sont conduits (Figure 2), ainsi que des travaux de recherche pour développer des méthodes performantes de détection, comprendre les facteurs impliqués dans les épidémies et développer des stratégies de lutte efficaces.
Prévention et recherche de solutions de lutte contre les nématodes
Les nématodes à galle, Meloidogyne chitwoodi et M. fallax, et les nématodes à kyste, Globodera pallida et G. rostochiensis, sont des parasites réglementés difficiles à éradiquer et pour lesquels le recours de plus en plus limité aux traitements du sol ainsi que l'apparition de populations virulentes ont conduit à renforcer les projets collaboratifs pour développer des méthodes alternatives de lutte contre ces ravageurs :
Projet Nematools (2015-2018) porté par la FN3PT et associant Inrae et l'Anses. Ce projet a permis de développer un ensemble de connaissances et d'outils d'évaluation et de gestion des risques associés à ces nématodes (outils de détection, gestion du matériel agricole à risque, quantification de la dispersion des nématodes par les travaux et engins agricoles, analyse des phases critiques de process de traitement d'effluents et de l'efficacité de procédés de décontamination, criblage d'espèces végétales non favorables à la multiplication des nématodes à galle, voir photo 4). Les résultats sont en cours de diffusion auprès des acteurs concernés.
Projet Biodera (2017-2020), associant le Centre mondial de l'innovation-Roullier (porteur), Inrae-Igepp (institut de génétique, environnement et protection des plantes), l'université de Rouen, la Recherche, développement et promotion des plants de pomme de terre (RD3PT), l'Institut technique de la betterave (ITB), le Sileban et Elisol, ayant pour objectif de développer de nouvelles solutions de lutte basées sur le biocontrôle contre des nématodes phytoparasites.
Projet GecoNem porté par l'Inrae et associant la FN3PT, l'Anses, Arvalis, l'ACVNPT (Association des créateurs de variétés nouvelles de pomme de terre) et une coopérative. Ce projet débuté en 2019 a pour ambition d'étudier si les populations virulentes décrites récemment en Allemagne et aux Pays-Bas existent en France ainsi que les stratégies durables et les solutions génétiques à mettre en face de ces populations.
Épidémiovigilance sur les émergences
Parmi les pathogènes émergents dont il est important de prévenir l'introduction figure la bactérie 'Candidatus Liberibacter solanacearum', transmise par des psylles et dont certains haplotypes provoquent la maladie du Zebra Chip sur pomme de terre et sont responsables de sévères pertes économiques en Amérique du Nord et en Nouvelle-Zélande. Ces souches et leur vecteur Bactericera cockerelli sont actuellement absents du territoire européen et sont classés en organismes de quarantaine. D'autres haplotypes, différents de ceux responsables du Zebra Chip, ont été détectés en Europe, sur carotte essentiellement. Devant les risques associés à l'émergence de ces souches, des actions collaboratives ont été lancées au niveau international (projets Phylib et Ponte) et national (projet CaLiso associant l'Anses, la FN3PT, le CTIFL, l'UFS, la Fnams et l'Inrae). Ces projets ont permis de développer des outils et connaissances sur la bactérie et ses vecteurs. Les prospections en parcelles et les études épidémiologiques ont permis d'acquérir des données rassurantes à la fois sur l'absence de détection de la bactérie C. L. solanacearum en France dans les cultures de pomme de terre et sur le risque de transmission des haplotypes apiacées sur pomme de terre.
La vigilance concerne aussi l'analyse des collections variétales à l'origine du schéma généalogique des plants pour s'assurer que le matériel initial et introduit est indemne de tout bioagresseur potentiel.
Stratégies intégrées
L'ensemble des actions de prévention et de recherche de la filière plant de pomme de terre permet de conforter la qualité sanitaire des productions et du territoire et de développer des innovations variétales, des outils d'évaluation de risque ou de nouvelles solutions de lutte incluant le biocontrôle, qui constituent des atouts essentiels face au recours plus limité à la protection phytosanitaire conventionnelle et à la nécessité de développer des stratégies intégrées de production.
(1) La PCR multiplexe permet d'amplifier simultanément plusieurs cibles (ici amplicons viraux) dans le même échantillon, par l'utilisation simultanée de différents jeux d'amorces.
RÉSUMÉ
CONTEXTE - L'année 2019 se caractérise par de bonnes conditions de plantation et de levée, et des pressions parasitaires variables selon les zones de production, reflétant parfois l'impact du retrait de certaines substances actives.
BILAN - La production française de plants certifiés de pomme de terre a poursuivi en 2019 sa dynamique de progression, à la fois en surface (23 100 hectares) et en tonnage (avec 221 500 tonnes exportées vers plus de 70 pays). Les inspections en culture et en laboratoire ont validé la qualité sanitaire des plants produits. L'expression des symptômes de jambe noire a été plus limitée cette année mais une épidémiovigilance se poursuit sur le cortège bactérien associé.
La situation demeure globalement maîtrisée pour les maladies à virus, malgré le retrait de solutions de lutte contre les pucerons vecteurs. De nombreuses parcelles ont encore été touchées par des attaques de taupins, notamment en Bretagne alors que les conditions climatiques ont limité cette année la gravité des dégâts dans le Sud-Ouest, le Nord ou le Centre-Val de Loire.
D'autres bioagresseurs comme le mildiou, les maladies superficielles des tubercules ou les maladies de conservation ont été globalement contenus, hormis des cas ponctuels liés à des pratiques culturales et conditions d'environnement. Enfin, d'importantes mesures préventives vis-à-vis des organismes réglementés et émergents sont poursuivies afin de préserver l'état sanitaire du territoire.
MOTS-CLÉS - Bilan phytosanitaire, plants de pomme de terre, jambe noire, virus, taupin, mildiou, altérations superficielles, maladies de conservation, organismes réglementés, nématode.
La filière plants de pomme de terre
Avec 23 000 ha de multiplication, près de 520 000 tonnes de plants certifiés et plus de 200 000 tonnes exportées, la France est un acteur de tout premier plan de la filière plants de pomme de terre au niveau mondial (Figure 1). Dans un marché concurrentiel, la France est devenue le 2e producteur et exportateur mondial de plants, avec près d'un tiers de sa production exportée, dans plus de 70 pays. Cette production s'appuie sur un réseau de 800 producteurs et 60 collecteurs de plants, ainsi que sur une qualité sanitaire et une organisation du contrôle et de la surveillance des maladies dont l'efficacité est reconnue internationalement.
La qualité sanitaire est un enjeu majeur en production de pomme de terre avec, en particulier pour le plant, de fortes exigences associées à la certification et aux cahiers des charges des destinataires. La pomme de terre est en effet une culture particulièrement sensible aux bioagresseurs pour de multiples raisons : culture à multiplication végétative, importance des échanges commerciaux, diversité des milieux de production et des conditions climatiques...
Près d'une quarantaine de maladies et ravageurs susceptibles de se développer en pomme de terre sont ainsi pris en compte dans les normes internationales de certification des plants. Alors que la diversité du cortège parasitaire augmente avec la croissance des échanges et les changements globaux ainsi que les exigences qualitatives de la part des destinataires, les mesures agroenvironnementales prises au niveau national et européen se traduisent par un choix plus limité de produits phytopharmaceutiques.
Dans ce contexte, la France bénéficie d'atouts réels pour la production de plants certifiés de haute qualité, avec des conditions pédoclimatiques privilégiées dans un territoire reconnu pour sa qualité sanitaire, des procédures rigoureuses de contrôle et de certification des semences et un réseau de compétences, allant de la création variétale jusqu'à la production et la commercialisation des plants.
La préservation et le maintien de cet état sanitaire font l'objet d'importantes actions de recherche et développement au sein de la Fédération nationale des producteurs de plant de pomme de terre (FN3PT), reconnue institut technique, en collaboration avec différents partenaires et notamment de l'Institut de génétique, environnement et protection des plantes (Inrae-Igepp) avec lequel a été établie l'unité mixte technologique InnoPlant². Cela passe aussi par de rigoureux programmes de surveillance au champ et en laboratoire. La Figure 2 (page suivante) illustre le nombre et la diversité des analyses conduites dans les laboratoires de Bretagne Plants, du Comité Nord et du Comité Centre et Sud, agréés pour les analyses officielles en vue de la certification des plants de pomme de terre.
POUR EN SAVOIR PLUS
CONTACT : yves.lehingrat@fnpppt.fr
LIENS UTILES : sur les travaux R&D et la production de plant : www.umt-innoplant.fr ou www.plantdepommedeterre.org
BIBLIOGRAPHIE : sur les bioagresseurs : Guide des maladies, ravageurs et désordres de la pomme de terre, coédité par la FN3PT, le Gnis et Arvalis. Une version internet a été développée en collaboration avec l'Inrae de Bordeaux, accessible sur le portail e-phytia, et bientôt disponible en application mobile : DiagPOT.
