Il ne suffit pas de tenir une comptabilité. Comme les sociétés, l'entreprise individuelle à responsabilité limitée (EIRL) doit déposer, tous les ans, ses comptes annuels, y compris si elle a opté pour la tenue de documents comptables simplifiés. Ce dépôt est effectué auprès du registre auquel a été réalisée la déclaration d'affectation. Les comptes sont alors annexés. Pour effectuer ce dépôt, l'EIRL dispose d'un délai de 6 mois à compter de la clôture de l'exercice. Le dépôt peut être effectué sous forme électronique.