Les racines de merlot sont plus riches en amidon que celles du pinot noir pendant l'hiver. Ensuite, les réserves sont progressivement utilisées. On constate que le pinot noir commence à reconstituer ses réserves racinaires dès la floraison, ce qui indique une assimilation photosynthétique efficace. Le merlot continue de puiser dans ses réserves plus longtemps. Une dégénérescence racinaire relativement importante au début du cycle végétatif est aussi observée. Ce turn-over régulier permet d'éviter le vieillissement du système racinaire. Le phénomène de dégénérescence, qui entraîne la perte d'une partie de l'amidon stocké, est plus important avec le pinot noir qu'avec le merlot, bien que le porte-greffe soit le même.