La date de clôture du dépôt des dossiers de demande d'aide à l'investissement sur le portail de FranceAgriMer, initialement fixée au 15 décembre 2016, a été repoussée au 16 janvier 2017, à minuit. Les professionnels ont souhaité ce report en raison des nombreux changements intervenus cette année, comme l'obligation d'adresser par téléchargement les pièces justificatives du dossier. Seules certaines pièces peuvent encore être envoyées par la poste.