Test Bretts Gare à la PCR !

Des chercheurs ont évalué les kits utilisés par les labos pour dénombrer les Brettanomyces par PCR quantitative. Aucun ne s'est montré convaincant.

Quand les vignerons souhaitent savoir rapidement si leur vin est exempt de Brettanomyces, ils choisissent souvent la PCR quantitative (qPCR), facturée entre 50 et 100 euros par échantillon. Ce coût élevé garantit-il un résultat fiable ? Trois instituts viennent de montrer que non.

L'IUVV, à Dijon, Inter-Rhône et le laboratoire Microflora de l'ISVV, à Bordeaux, ont testé des kits utilisés par les laboratoires d'oenologie pour réaliser ces analyses par PCR. « Nous avons retenu les trois kits les plus courants », préciseCédric Longin, à l'époque doctorant à l'IUVV et aujourd'hui employé par Œnosciences, en Gironde.

Chaque institut en a reçu deux avec lesquels il a analysé trois vins (un bourgogne, un côtes-du-rhône et un bordeaux) stérilisés par filtration puis artificiellement contaminés à quatre niveaux de populations de Brettanomyces (100, 1 000, 10 000 ou 100 000 cellules par ml). Les laborantins ont répété toutes leurs analyses trois fois. En parallèle, ils ont aussi dénombré les Brettanomyces sur des boîtes de Petri.

La PCR a donné des résultats très aléatoires. Ainsi, sur un vin contaminé avec 100 000 cellules/ml, analysé trois fois par la même personne avec le même kit, les chercheurs ont trouvé de 52 000 à 190 000 cellules/ml. Ce manque de répétabilité est encore plus criant lorsqu'on compare les résultats des trois laboratoires. Dans le même vin, ils ont en effet compté entre 24 000 et 400 000 cellules/ml.

Dans de nombreuses quantifications, les kits commerciaux ont détecté moins de levures que les boîtes de Petri, faisant courir aux laboratoires, et donc aux vignerons, le risque de passer à côté d'une contamination. « En fait, certains inhibiteurs comme les polyphénols ont faussé les analyses », explique Cédric Longin.

Une seconde série d'essais a été pratiquée sur des vins fortement sulfités. En quantifiant des levures mortes, les kits ont largement surestimé le nombre réel de levures vivantes. Cette fois, le risque est de laisser croire aux viticulteurs que leur sulfitage ou leur traitement anti-Bretts n'a pas été efficace. « Les kits commerciaux de PCR ne sont pas fiables. Mieux vaut se tourner vers la cytométrie en flux, avec un marquage spécifique des Bretts », conclut Cédric Longin.