L'annualisation permet de mieux répartir le travail sur l'année afin de supprimer les heures supplémentaires.
La mise en place des 35 h peut se faire de diverses manières. La plus simple consiste à réduire la durée hebdomadaire du travail et de travailler cinq jours pendant 7 h. Cette solution peut convenir aux postes qui ont la même charge de travail toute l'année. En revanche, lorsqu'il existe une forte saisonnalité, la solution est beaucoup moins intéressante car il faudra continuer de recourir à des heures supplémentaires ou à des saisonniers dans les périodes de pointe. Cependant, rien n'empêche de continuer à travailler autant qu'aujourd'hui, mais les heures effectuées entre 36 et 39 h seront à 10 % pendant la première année (2000 ou 2002 selon les effectifs), puis à 25 %. Un calcul peu intéressant à terme et incompatible avec les aides.L'autre solution revient à considérer la durée du travail sur l'année, c'est l'annualisation. On effectue alors 35 h en moyenne par semaine, soit 1 600 h travaillées par an en adaptant le temps de travail hebdomadaire à la charge réelle de travail. Toutes les solutions sont envisageables dès lors que l'on ne travaille pas plus de 10 h par jour, 48 h par semaine ou 44 h par semaine sur douze semaines consécutives. Des dérogations sont possibles pour certaines périodes, comme les vendanges, et les accords de branche fixent les détails précis de la mise en oeuvre de l'annualisation. Certains continuent sur une base moyenne de 39 h hebdomadaires mais donnent vingt-deux jours de congés, en plus des cinq semaines habituelles. D'autres accords prévoient des semaines à 32, 35 ou 38 h selon les périodes de l'année... Dans certaines entreprises, seuls sont annualisés les postes de travail à forte variation de charge. En effet, ce système, intéressant du point de vue de l'optimisation du temps de travail, est très lourd à gérer car il faut suivre précisément le compte d'heures de chacun. Dans les entreprises d'une certaine taille, une badgeuse reliée à un ordinateur a d'ailleurs dû être installée. L'annualisation se met généralement en place dans le cadre d'une négociation . Mais, de toute façon, l'organisation du travail reste une prérogative du chef d'entreprise. Les salariés ne peuvent donc pas la refuser dans la mesure où cela ne constitue pas une modification substantielle de leur contrat de travail.