En sortie de pépinières, 25 à 35 % des plants sont contaminés par des champignons responsables des maladies du bois.
En 2005, l'ITV de Midi-Pyrénées, en collaboration avec les pépiniéristes de la région, a mené une enquête sur la contamination des plants par les champignons responsables des maladies du bois, en pépinières. 900 plants traditionnels et 1 000 plants en pots ont été analysés. Au total, entre 24 et 35 % sont porteurs d'au moins l'un de ces champignons. 10 % des plants traditionnels et 7 % des plants en pots sont contaminés par Phaeoacremonium aleophilum ou Phaeomoniella chlamydospora, impliqués dans le syndrome de l'esca. 15 % des plants traditionnels et 29 % des plants en pots contiennent des Botryosphaeria, incriminés dans le black dead arm. 80 % de ces champignons sont isolés en haut des plants, 20 % à la base. La voie d'entrée principale semble donc être la zone de soudure ou le greffon. Plus marginalement, les champignons semblent pouvoir pénétrer par les plaies d'éborgnage ou le talon. En faisant des prélèvements lors des différentes étapes de fabrication, les chercheurs ont identifié deux phases à risque : la réhydratation et la stratification. ' Les champignons seraient présents à la surface des plants. Lorsqu'on les trempe dans les bains, cela créerait une importante source d'inoculum. Les champignons profiteraient des plaies pour entrer dans les plants. La prochaine étape de nos travaux sera de trouver une méthode de désinfection de la surface du matériel végétal ', rapporte Virginie Viguès, de l'ITV.