Les levures ne participent pas à l'effet terroir. Pour cela, il faudrait qu'à chaque terroir corresponde une souche, qui fermente spontanément les vins en leur donnant des caractéristiques particulières. Or, plusieurs recherches montrent qu'il n'en est rien. Les fermentations spontanées débutent avec une quantité de souches, mais sont achevées par une, voire deux souches dominantes. Une année donnée, les récoltes de deux parcelles d'un même terroir ne sont pas forcément fermentées par la même souche dominante. Et d'une année à l'autre, ce ne sont pas les mêmes souches qui réalisent l'essentiel des fermentations.