La loi d'orientation agricole (LOA) du 5 janvier 2006 a autorisé la parution d'une ordonnance permettant la séparation entre les organismes de défense et de gestion, et les organismes de contrôle pour tous les signes de qualités.
L'ordonnance est néanmoins toujours en attente.
La LOA de 1999 prévoyait déjà cette séparation au niveau viticole. Son but était de faire reconnaître les missions des syndicats d'appellation, mais elle avait achoppé sur le financement des missions d'intérêt général. Depuis, le contrôle des conditions de production a été mis en place. De nombreux syndicats ont été pris en otage par leurs adhérents, qui ne souhaitaient pas financer ce contrôle et menaçaient de ne plus payer leurs cotisations. La Cnaoc a donc oeuvré pour sécuriser les syndicats sur leurs missions d'intérêt général, et leur permettre de prélever une cotisation obligatoire.