Bien qu'il soit très cadré, le bail agricole présente quelques souplesses. La possibilité de le convertir en est une. L'article L. 416-2 du code rural précise en effet qu'un bail rural peut à tout moment être converti par accord des deux parties en bail à long terme.
Cette conversion peut se faire par deux voies : la transformation du premier bail ou la signature d'un nouveau bail. Les deux s'effectuent par acte notarié. Cette possibilité est parfois utilisée par les propriétaires pour transformer un bail de neuf ans renouvelable en un bail de vingt-cinq ans, ce qui leur permet de disposer du bien librement au terme de ces vingt-cinq années. Certains propriétaires souhaitent aussi transformer un bail de neuf ans renouvelable en bail à long terme de dix-huit ans pour bénéficier des avantages fiscaux et patrimoniaux des baux à long terme.
Le code rural précise que « la conversion n'implique aucune autre modification des conditions du bail que l'allongement de sa durée et que le bailleur s'engage à ne demander aucune majoration du prix en fonction de cette conversion ». Le montant du bail reste donc inchangé. S'il est également mentionné que l'accord des deux parties est nécessaire, la marge de manœuvre du fermier est en réalité assez mince. Car si ce dernier refuse la conversion, il ne pourra plus céder son bail à ses descendants ou à son conjoint, ni apporter le bail à une société d'exploitation.